科学的管理体制要求企业知识产权管理需要有相应的组织管理机制、制度机制、管理职能保障机制以及信息网络保障体系。
(一) 组织保障
组织保障体现为建立有效的企业知识产权管理组织体系。建立知识产权管理组织体系，明确知识产权管理部门的职能，这是企业知识产权管理部门开展知识产权工作的前提条件和重要保障。企业知识产权管理和知识产权战略一样，与企业经营管理具有十分密切的联系，因为企业知识产权的开发、利用、运营与企业技术开发、产品市场流转、经营管理战略往往是联系在一起的。基于此，在组织保障上，企业应注意加强其内部各职能部门之间的联系与沟通，如在横向沟通方面，应注意生产部门、研发部门、市场营销部门、法务部等就产品、技术、市场、法律保护、资源配置等方面问题经常保持联系与交流； 在纵向沟通方面，需要经常在企业子公司、各职能部门的分部和知识产权本部之间保持业务上的联系。在组织保障上，企业还应将知识产权管理置于企业领导层开展活动，特别是对企业具有重大价值的知识产权的转让、投资等事宜需要由企业决策层做出。这是因为，企业知识产权管理涉及企业经营战略问题，对企业的生存和发展事关重大，对企业知识产权开发、运营方面的重要决策，自应当由企业高层作出。在实行公司制的企业，则适宜于由董事会作出决策。
同时，组织保障离不开知识产权的专门管理机构和专门人员负责。在具备条件的企业，设置知识产权管理的专门机构具有很大的必要性。这一机构的设立目的在于对企业拥有的知识产权资源进行有效地计划、组织、领导和控制，符合企业战略发展需要，实现企业最佳经济效益。[5]
在组织建构体系中，企业知识产权管理机构的主要任务是制定企业知识产权战略和关于知识产权管理的规章制度； 实施企业决策层关于知识产权问题的重大决策； 协调企业内部与企业和其他单位之间的知识产权事宜； 查处对本企业的知识产权侵权，解决企业知识产权侵权纠纷； 搜集、分析与整理与本企业经营管理有关的知识产权信息，并作出相关结论，供企业决策层参考；及时进行市场调查，弄清楚其他企业知识产权战略意图，为本企业实施或调整知识产权战略提供建议； 宣传普及企业知识产权保护和战略意识，加强企业知识产权意识培养，特别是关于企业知识产权价值和企业知识产权权利归属的认识等。
另外，在组织保障上，除了企业决策层组织和企业知识产权管理机构外，与企业知识产权管理直接相关的一些专业机构，如技术开发、市场营销、产品设计、商标设计、情报机构等也属于组织保障体系的范围，企业知识产权管理机构应注意与之密切配合。
