不同的案件事实所适用的证据调查程序或者诉讼证明程序也相应不同。诉讼证明程序大体包括提供及交换证据、当事人质证与辩论、法官判断证据与认定事实。其中，调查证据资格之有无和证明力之大小的程序，即当事人质证和法官判断证据，可称为证据调查程序。通常情况下，争讼案件的实体事实应当采用“严格证明”，而非讼案件的实体事实和程序事实采用“自由证明”即可。
（一）争讼案件的实体事实与证据调查程序
民事争讼案件的实体事实首先指的是要件事实，又称直接事实、（实体法）规范构成要件事实、主要事实，是直接导致某项民事权利义务或民事法律效果发生、妨碍、阻却或消灭的事实，可被划分为权利发生事实、权利妨碍事实、权利阻却事实和权利消灭事实（此处的“权利”既可指财产权和人身权，又可指请求权、支配权和形成权）。
要件事实或直接事实包括两类：①民事法律事实，比如合法继承（取得所有权）、签订合同（形成合同关系）和依法离婚（解除婚姻关系）；②民事纠纷事实，比如侵权事实和违约事实。这两类事实中，前者是基础和前提，但是，若无后者则无诉的利益，就不能请求诉讼救济，也不能申请仲裁。
从民事权利主体或者原告的角度来说，民事法律事实的发生使其获得民事实质权（所有权等财产权、名誉权等人身权），民事纠纷事实的发生意味着民事实质权受到侵害或发生争议从而产生民事救济权（包括物上请求权等实体救济权、民事诉权和申请仲裁权等）。可见，权利发生事实包括产生民事实质权的法律事实和产生民事救济权的纠纷事实，均构成诉的原因或诉的原因事实，原告起诉的则应主张此类事实来支持其权利主张或诉讼请求。
权利阻却事实（如消灭时效届满、同时履行抗辩、先诉抗辩等）阻却某项民事权利行使。权利妨碍事实（如合同不成立、免责事由等）妨碍某项民事权利发生。权利消灭事实（如物的灭失、债务履行、抵销、合同解除等）使既存的民事权利消灭。这三类事实是被告用来直接推翻原告权利主张和诉讼请求的“抗辩事实”。对于被告的抗辩，原告也可再抗辩，比如被告提出消灭时效的抗辩，原告可以提出消灭时效中断的抗辩。
民事争讼案件的实体事实还包括间接事实，即不能直接导致某项民事权利义务或民事法律效果发生、妨碍、阻却或消灭的事实，可用来推导或证明“直接事实”是否存在的事实。对要件事实的证明，其途径主要有：①利用直接证据来证明；②通过间接事实证明。在无直接证据“直接证明”直接事实或要件事实时，可以运用“间接证明”，即运用间接证据来证明间接事实，然后运用形成逻辑链的间接事实来推定或证明直接事实或要件事实。所以，间接事实又被称为证据性事实或逻辑上起证明作用的事实。间接事实在作为证明要件事实真实与否之证明手段的限度内，成为证明对象。
