（二）由专门制度保护向专利法保护转变
在植物新品种保护方面，TRIPS协议和UPOV公约均给成员国留下一定的立法空间，由此在世界范围内形成三种保护模式：以意大利为代表的专利法保护模式、以欧盟为代表的特别法保护模式、以美国为代表的专利法和特别法双重保护模式。随着转基因技术的发展以及基于各国科技、经济竞争的需要，各国各具特色的实践又反映了一个共同的立法趋势，即植物新品种制度对转基因植物的保护已然不足，专利保护制度的合理性优势日益凸现。[1]专利制度以其保护客体的广泛性和保护力度的强劲性逐渐赢得了各国（地区）的青睐。这种变化在欧盟和日本表现的更为明显。
欧盟《欧洲专利公约》排除了对转基因动植物被授予专利的可能性，而转基因植物可以依据专门的植物新品种权获得保护。但由于来自美国专利制度的强大压力以及转基因技术实践发展的要求，欧盟转基因植物新品种的专门保护模式受到巨大冲击。目前，欧盟在实践中已经存在着对植物新品种给予专利保护的情形。在转基因动物专利保护方面，欧盟于1992年对美国的“哈佛鼠”授予专利。1998年通过的《生物技术发明法律保护的指令》（第98/44号欧盟指令）第4条虽然仍认定植物和动物品种不具有专利性，但该条同时规定“如果有关植物和动物发明的技术可行性不仅限于特定的植物或动物品种，则它具有可专利性。”即通过对相关概念进行法律解释来达到对转基因动植物授予专利的目的。日本对于传统的植物品种主要通过种苗法（植物新品种权）来保护，转基因植物的出现使其考虑使用专利进行保护。1997年日本的《特殊领域发明的审查指南》规定了转基因动植物属于专利法的保护范围。可以看出，欧盟和日本的这种变化反映出转基因生物知识产权由专门制度保护向专利法保护逐渐过渡的发展趋势，这对其他国家和地区的影响也相当明显。
（三）从植物专利保护向动物专利保护扩展
对于植物授予专利早在20世纪30年代的美国就已实现，而对于动物授予专利则比较晚。动物通常是采取有性繁殖方式进行生产，其传统生物学的繁殖方式难以保持可重复性，同时又不能用工业化方法大量复制生产，在认定专利客体技术内容是否充分公开方面也相当困难，因此，世界多数国家均将动物品种排除在专利保护范围之外。随着转基因技术的发展，人们可以通过无性繁殖方式根据自己的需要创造出同样品质的转基因动物，这与工业产品的生产方法具有类似之处，从而为转基因动物的专利保护提供了支持。可见，从植物专利保护向动物专利保护扩展是转基因技术发展的必然要求。只要其符合专利法所要求的新颖性、创造性和实用性等条件，同样能够申请专利。[2]1988年美国授予世界上第一例转基因动物专利—即著名的“哈佛鼠”专利。美国的做法对其他国家产生深刻影响。日本于1993年在其《专利审查指南》中也规定可以对动物授予专利。欧盟本来对转基因动物不进行专利保护，在美国就“哈佛鼠”向欧盟提出专利申请之后，欧盟内部经过激烈讨论，最终于1992年通过对“动物品种”作狭义解释，才对“哈佛鼠”授予了专利，并将这种解释方法写进之后的第98/44号指令中。总之，对于转基因动物授予专利权是转基因技术发展和产业化实践的要求，也是当前转基因生物知识产权发展的趋势之一。
