2. 对公司是否继续存续的法律意义不同。因我国公司设立登记奉行成立要件主义原则，一旦公司登记机关撤销了原来的设立登记，就意味着该公司自始就未有效成立，也就不存在能否继续存续了。而吊销公司营业执照则仅仅只消灭了公司的营业能力，所剥夺的是公司再继续营业的资格，而非消灭公司本身的人格，更不具备消灭公司作为商主体资格的法律意义和法律效力。在吊销公司营业执照之处罚行为作出后，公司作为一商法人资格，进而作一商主体资格仍将继续存在[1]，只是因为其营业执照被吊销，其持续营业已不可能，作为行政命令解散的情形，公司必须进入清算程序，待清算完毕后，再行办理公司注销。[2]然而，在公司营业执照被吊销之后至公司办理注销之前这一时段，公司作为法人或作为商主体是依然存续的。
3. 对公司发起人和出资人法律责任的适用规则不同。如对瑕疵公司适用撤销公司设立登记，则因该公司设立登记被公司登记机关否认和撤销而自始就未有效成立，适用公司设立失败或公司成立不能情形下之债务清偿规则，公司发起人和出资人要对其发起设立公司至公司清偿债务了结前的所有债务承担连带清偿责任。如对瑕疵公司适用的是吊销公司营业执照，则该公司因行政命令而被强制解散，应按照我国《公司法》第184 条之规定进入清算程序，并按照有限责任清偿规则，依照《公司法》第 197 条所规定的清偿顺序对公司债权人之债权进行清偿，公司发起人和出资人无需对公司债权人承担清偿责任。
4. 对瑕疵公司之债权人的法律担保不同。如对瑕疵公司适用撤销公司设立登记，对于瑕疵公司某一具体的债权人来说，因为其债务清偿的规则是连带清偿，公司发起人和出资人须对公司（尽管该公司因设立登记被撤销而不复存在）债权人承担连带责任，其债权的担保是双层（瑕疵公司和公司发起人、出资人等）的、多元的。如对瑕疵公司适用的是吊销公司营业执照，则因公司的债务清偿适用公司强制解散后的清算程序，其供债务清偿的财产仅为公司的现有全部财产，对债权人的财产担保则是单层（只及于瑕疵公司财产）的和一元的，显然，债权人的保障远不及撤销公司设立登记的法律效果。
5. 对当事人适用的法律程序不同。如对瑕疵公司适用撤销公司设立登记，对相关当事人来说，应按照公司设立失败或公司成立不能的善后债权债务处理程序，遵循无限、连带、完全的清偿规则，对债权人进行足额清偿。如对瑕疵公司适用吊销公司营业执照，则应启动公司强制解散后的公司清算程序，遵循公司有限清偿规则，如果这样，对债权人的清偿往往是不到位的。
综上，不难看出，如对瑕疵公司适用撤销公司设立登记或者吊销公司营业执照，其行为主旨、法律意义、法律效力和法律后果是完全不一样的。
