因此，目前俄罗斯联邦共有8个跨地区运输检察院。依照俄罗斯联邦总检察长上述8个命令的规定，这8个跨地区运输检察院在各自所辖区域范围内行使如下职权：(1)对联邦执行权力机关的区域性机关、俄罗斯联邦主体权力机关和地方自治机关、海关机关和运输内务机关[40]，上述机关的公职人员，商业组织和非商业组织的管理机构和领导人在铁路运输、航空运输和水上运输领域、海关领域执行法律的情况、恪守人和公民权利与自由的情况以及对上述机关、机构和人员颁布的法律文件是否与法律相一致实施监督；(2)对运输内务机关和海关机关的刑事诉讼活动和侦查搜查活动实施监督；(3)对在铁路路基、火车站、候车室、站台、机场、码头、栈桥、河港、海港和航空港、火车车厢、航空器、水上运输船舶上，在铁路运输、航空运输、水上运输领域的其他客体内所实施的刑事犯罪案件实施审判前侦查；不管铁路运输、航空运输、水上运输企业的所有制形式和主管部门如何(但是，俄罗斯联邦国防部下属客体和特殊制度客体除外)，对危害铁路运输、航空运输、水上运输运行和通航安全的刑事犯罪案件实施审判前侦查；对联邦执行权力机关区域性机关的工作人员在铁路运输、航空运输、水上运输领域实施职务犯罪的刑事案件，对运输内务机关工作人员和海关机关工作人员实施职务犯罪的刑事案件实施审判前侦查；(4)协调在铁路运输、航空运输、水上运输领域和海关领域工作的各种护法机关反犯罪斗争 方面的活动；(5)依照各种诉讼立法的规定，参加法院刑事案件、民事案件和仲裁案件的审理；(6)对下级运输检察院实施组织方法和业务方面的领导。
2008年5月7日，俄罗斯联邦总检察长签发的《关于划分区域性检察院、军事检察院和其他专门检察院检察长职权范围的第84号命令(附2009年3月31日作出的修改)》[41]，又对俄罗斯联邦运输检察机关的职权做了详细的专门性规定。与上述8个总检察长的命令相比，该命令关于俄罗斯联邦运输检察机关的权限有所变化。这些变化，主要表现在立法语言(表述)上的变动。例如，用“对运输和海关领域各级机关和机构执行反贪污贿赂立法的情况实施监督”的立法表述，代替“对运输内务机关和海关机关的刑事诉讼活动和侦查搜查活动实施监督”。
(三)俄罗斯联邦的136个区级运输检察院
依照俄罗斯联邦总检察长上述8个命令的规定，这8个跨地区运输检察院共下辖136个区级运输检察院[42]。现列明如下：
1.隶属于莫斯科跨地区运输检察院的21个区级运输检察院
莫斯科—库尔斯克运输检察院、莫斯科—梁赞运输检察院、莫斯科—斯摩棱斯克运输检察院、莫斯科—雅罗斯拉夫尔运输检察院、东部运输检察院、北部运输检察院、西南运输检察院、别尔哥罗德运输检察院、布良斯克运输检察院、沃罗涅日运输检察院、卡卢加运输检察院、库尔斯克运输检察院、利佩茨克运输检察院、利斯基运输检察院、米丘林斯克运输检察院、奥廖尔运输检察院、梁赞运输检察院、斯摩棱斯克运输检察院、图拉运输检察院、鲁季申夫斯克运输检察院[43]和特维尔跨区运输检察院[44]。
2.隶属于西北运输检察院的19个区级运输检察院
阿尔汉格尔斯克运输检察院、布伊斯科耶运输检察院、大卢基运输检察院、沃洛格达运输检察院、沃尔霍夫斯特罗伊运输检察院、沃尔库塔运输检察院、伊万诺夫运输检察院、坎达拉克沙运输检察院、卡累利阿运输检察院、科特拉斯运输检察院、列宁格勒—芬兰运输检察院、摩尔曼斯克运输检察院、诺夫哥罗德运输检察院、伯朝拉运输检察院、普斯科夫运输检察院、圣彼得堡运输检察院、索斯诺戈尔斯克运输检察院、瑟克特夫卡尔运输检察院和雅罗斯拉夫尔运输检察院。
3.隶属于南部运输检察院的22个区级运输检察院
阿迪格运输检察院、阿斯特拉罕运输检察院、弗拉季卡夫卡兹运输检察院[45]、伏尔加格勒运输检察院、伏尔加河—顿河运输检察院、叶尔绍夫运输检察院、高加索运输检察院、卡拉恰伊—切尔克斯运输检察院、克拉斯诺达尔运输检察院、利霍夫斯科伊运输检察院、马哈奇卡拉运输检察院、矿水城跨区运输检察院、纳利奇克运输检察院、新罗西斯克运输检察院、罗斯托夫运输检察院、萨利斯克运输检察院、萨拉托夫运输检察院、索契运输检察院、斯塔夫罗波尔运输检察院、塔甘罗格运输检察院、图阿普谢运输检察院和埃利斯塔运输检察院。
4.隶属于伏尔加河沿岸运输检察院的16个区级运输检察院
弗拉基米尔运输检察院、卡姆斯运输检察院、基洛夫运输检察院、克拉斯诺乌菲姆斯克运输检察院、古比雪夫运输检察院、马里运输检察院、下诺夫哥罗德运输检察院、奔萨运输检察院、鲁扎耶夫卡运输检察院、斯捷尔利塔马克运输检察院、塞兹兰运输检察院、鞑靼斯克运输检察院、乌德穆尔特运输检察院、乌里扬诺夫斯克运输检察院、乌菲姆斯克运输检察院和楚瓦什运输检察院。
