目前，在上述五大措施的基础上，俄罗斯联邦由三级组成的，统一的现行运输检察机关体系已经确立起来。这三级分别是：由7名俄罗斯联邦副总检察长领导的俄罗斯联邦总检察院驻7个联邦区的7个总局，8个跨地区运输检察院和136个区级运输检察院。
(一)俄罗斯联邦总检察院驻7个联邦区的7个总局
2000年5月13日，普京签署第849号总统令，批准了《俄罗斯联邦总统驻联邦区全权代表条例》[31]。依照该总统令的规定，俄罗斯联邦领土划分为与传统经济区基本吻合的7个联邦区，俄罗斯联邦总统向每个联邦区派驻一名总统全权代表。每个联邦区下辖6~17个联邦主体不等。2000年5月16日、20日，《俄罗斯报》公布了《俄罗斯联邦总统驻联邦区全权代表条例》，也公布了7个联邦区下辖联邦主体的名单。
1.中部联邦区(中心为莫斯科市)
它下辖18个联邦主体，分别是：别尔哥罗德州、布良斯克州、弗拉基米尔州、沃罗涅日州、伊万诺夫州、卡卢加州、科斯特罗马州、库尔斯克州、利佩茨克州、莫斯科州、奥廖尔州、梁赞州、斯摩棱斯克州、坦波夫州、特维尔州、图拉州、雅罗斯拉夫州、莫斯科市。
2.西北联邦区(中心为圣彼得堡市)
它下辖11个联邦主体，分别是：卡累利阿共和国、科米共和国、阿尔汉格尔斯克州、沃洛格达州、加里宁格勒州、列宁格勒州、摩尔曼斯克州、诺夫哥罗德州、普斯科夫州、圣彼得堡市、涅涅茨自治专区。
3.南部联邦区(中心为顿河畔罗斯托夫市)
南部联邦区(原称北高加索联邦区)下辖12个联邦主体[32]，分别是：阿迪格共和国、达吉斯坦共和国、印古什共和国、卡巴尔达—巴尔卡尔共和国、卡尔梅克共和国、卡拉恰伊—切尔克斯共和国、车臣共和国、克拉斯诺达尔边疆区、斯塔夫罗波尔边疆区、阿斯特拉罕州、伏尔加格勒州、罗斯托夫州。
4.伏尔加河沿岸联邦区(中心为下诺夫哥罗德市)
它下辖14个联邦主体，分别是：巴什科尔托斯坦共和国、马里—埃尔共和国、莫尔多维亚共和国、鞑靼斯坦共和国、乌德穆尔特共和国、楚瓦什共和国、基洛夫州、下诺夫哥罗德州、奥伦堡州、奔萨州、彼尔姆边疆区[33]、萨马拉州、萨拉托夫州、乌里扬诺夫斯克州。
5.乌拉尔联邦区(中心为叶卡捷琳堡市)
它下辖6个联邦主体，分别是：库尔干州、斯维尔德洛夫斯克州、秋明州、车里雅宾斯克州、汉特—曼西自治专区、亚马尔—涅涅茨自治专区。
6.西伯利亚联邦区(中心为新西伯利亚市)
它下辖12个联邦主体，分别是：阿尔泰共和国、布里亚特共和国、图瓦共和国、哈卡斯共和国、阿尔泰边疆区、克拉斯诺雅尔斯克边疆区[34]、伊尔库茨克州[35]、克麦罗沃州、新西伯利亚州、鄂木斯克州、托木斯克州、外贝加尔边疆区[36]。
7.远东联邦区(中心为哈巴罗夫斯克市)
它下辖9个联邦主体，分别是：萨哈(雅库特)共和国、滨海边疆区、哈巴罗夫斯克边疆区、阿穆尔州、堪察加边疆区[37]、马加丹州、萨哈林州、犹太自治州、楚科奇自治专区。
与上述总统令相适应，俄罗斯联邦总检察长于2001年6月5日签署了《关于成立俄罗斯联邦总检察院驻各联邦区总局的第984号命令》[38]。该命令规定，成立俄罗斯联邦总检察院驻7个联邦区的7个总局，分别由一名俄罗斯联邦副总检察长领导。至此，由7名俄罗斯联邦副总检察长领导的俄罗斯联邦总检察院驻7个联邦区的7个总局，成为俄罗斯联邦统一运输检察机关体系的最高一级。
(二)俄罗斯联邦的8个跨地区运输检察院
2006年12月16日和2007年4月27日和5月11日，俄罗斯联邦总检察长又先后签发6个命令，决定成立莫斯科跨地区运输检察院(驻地为莫斯科市)、西北运输检察院(驻地为圣彼得堡市)、南部运输检察院(驻地为顿河畔罗斯托夫市)、伏尔加河沿岸运输检察院(驻地为下诺夫哥罗德市)、乌拉尔运输检察院(驻地为叶卡捷琳堡市)、远东运输检察院(驻地为哈巴罗夫斯克市)。以上6个跨地区运输检察院及其驻地，都与6个联邦区及其中心城市完全相吻合。值得指出的是，2007年5月11日，俄罗斯联邦总检察长还先后签发第81号和第82号命令，成立了西西伯利亚运输检察院(驻地为新西伯利亚市)和东西伯利亚运输检察院(驻地为伊尔库茨克市)。上述两个跨地区运输检察院，均位于中心城市为新西伯利亚市的西伯利亚联邦区辖区内。其主要原因，是西伯利亚联邦区比其他联邦区地域更加辽阔。而且，在历史上也曾有这样两个跨地区运输检察院。例如，俄罗斯联邦现任总检察长Ю.Е.恰伊卡，就曾经于1990~1992年担任东西伯利亚运输检察院(驻地为伊尔库茨克市)的检察长[39]。
