1936年7月20日，苏联中央执行委员会和苏联人民委员会联合颁布了关于组建联盟—共和国性质的苏联司法人民委员部决议。该决议规定，各加盟共和国和自治共和国的检察机关从相应加盟共和国和自治共和国的司法人民委员部中划分出来，直接隶属于苏联检察长，以使各级检察机关的联合进程彻底完成[9]。依照该决议的规定，苏联中央检察机关和地方各级检察机关的内部机构也进 行了相应的改组。1936年年底，联盟国家一级检察机关(苏联检察院)下设10个分支机构，其中包括铁路运输总检察院和水上运输总检察院。
至此，由苏联，各加盟共和国，州级(自治共和国、边疆区、州、联邦直辖市)以及区(市))级等四级的铁路运输检察院、水上运输检察院组成的统一的苏联运输检察机关体系基本确立。应当指出，苏联当时多种运输检察机关(铁路运输检察院和水上运输检察院)同时并存，符合当时的经济发展水平，符合铁路运输线、水上运输线是苏联当时最主要运输线的国情。
(3)统一运输检察机关的确立阶段
卫国战争前后，苏联运输检察机关体系的改组阶段，也是苏联统一运输检察机关体系确立进程的最后阶段。
在卫国战争时期，为抵御德国法西斯的侵略，苏联最高苏维埃主席团于1941年6月22日发布了《关于实施战争状态的命令》。在实施战争状态时期，战胜德国法西斯的侵略，是苏联各族人民的总任务。为了完成这一总任务，苏联检察机关体系的各级机关进行了必要的改组[10]。例如，在宣布实施战争状态的地区，区域性检察机关均按照《关于实施战争状态的命令》，改组为军事检察机关。1943年，在铁路运输和水上运输领域开始实施战争状态后，铁路运输检察机关和水上运输检察机关在组织上也被划入军事检察机关体系，由红军军事总检察长领导。
1945年卫国战争获得胜利、1946年运输领域撤销战争状态后，军事铁路运输检察机关和军事水上运输检察机关被重新恢复为普通运输检察机关[11]。1953年6月24日，苏联最高苏维埃主席团发布了《关于合并铁路运输线法院和内水水上运输线法院、铁路运输线检察院和内水水上运输线检察院以及苏联最高法院铁路运输审判庭和内水水上运输审判庭的命令》。依照上述命令的规定，所有的铁路运输检察院和内水水上运输检察院联合为苏联检察院组成中的统一的运输总检察院体系[12]。从此之后，多种运输检察机关同时并存的局面不复存在，苏联运输检察机关进入了“大运输检察机关”体系的发展阶段。“大运输检察机关”体系，是指运输检察机关体系的各级机关不再有“铁路运输检察院”、“内水水上运输检察院”、“航空运输检察院”等种类的区分，而是根据其辖区的地理环境和运输企业、机构、组织的服务内容，拥有相应的各种运输领域(铁路运输、内水水上运输、航空运输、海洋运输领域)执行法律情况的检察监督权。例如，位于俄罗斯联邦内陸地区的运输检察院，不临海，所以无权对海洋运输领域执行法律的情况实施监督。
2.苏联统一运输检察机关体系的发展与变化
(1)统一运输检察机关体系的撤销
1960年3月3日，苏联最高苏维埃主席团发布《关于撤销运输检察机关的命令》。依照该命令的规定，苏联的统一运输检察机关体系被撤销，其职能被转交给区域性检察机关(加盟共和国检察机关体系的各级机关)。但是，该命令考虑到苏联国土辽阔，各地情况不一，政策不能“一刀切”，就授权苏联总检察长在必要时建立一些独立的，拥有区级检察院权限，并隶属于相应区域性检察院检察长的铁路运输检察院和水上运输检察院[13]。实际上，在撤销运输检察机关体系后不久的1961年，某些边疆区和州便重新成立了一些区级运输检察院，以适应运输领域反犯罪斗争的需要[14]。
(2)统一运输检察机关体系的重新恢复20世纪70年代，苏联统一的运输检察机关体系得以重新恢复。这一恢复进程经历了两个阶段：区级运输检察院重建阶段和跨地区运输检察院(州级检察院)重建阶段。前一阶段的法律基础，是苏联总检察长于1977年2月28日签发的《关于组建运输检察院工作的命令》[15]。依照该命令重新成立的运输检察院，拥有区级检察院的权限，但直接隶属于加盟共和国检察院的检察长。至此，苏联大批区级运输检察院得以重建。后一阶段的法律基础，是苏联最高苏维埃于1979年11月30日通过的《苏联检察机关法》[16]和苏联总检察长依据该法的相关规定于1980年11月5日签发的《关于组建运输检察院的命令》。当时，苏联在铁路运输、水上运输和航空运输领域成立了拥有州级检察院权限的跨地区运输检察院[17]。这些跨地区运输检察院按照其所在地的加盟共和国属性，隶属于相应的加盟共和国检察院检察长[18]，但对已存在的区级运输检察院的工作实施领导和监督。
