二是监管目标的矛盾。以银行业监管与证券监管的目标为例，它们的矛盾好比“医生与警察”的差异。银行业监管机构是“金融医生”，证券监管机构像“金融警察”，二者在准入、内部控制、信息披露规则、风险预警等方面的差异几乎无法调和（注：参见 《 金融监管一体化 》，http：//www.hudong.com/wiki/%E9%87% 91% E8% 9E% 8D% E7% 9B% 91%E7% AE% A1% E4% B8% 80% E4% BD% 93% E5%8C%96（互动百科网），2010 年 4 月 30 日访问。）；利率、汇率与证券市场此消彼长，试图通过单一监管机构统辖来加以兼顾，难度很大，而未经真正博弈的调和更可能是不合理的。由于这个原因，集中监管机构的各部门很难就监管达成共识，方针、政策得不到一致理解，贯彻起来困难重重。监管目标矛盾的最坏结果是监管排挤，也就是强势部门的意志压过弱势部门。在很多转型国家，这往往表现为银行业主管机构建立起排他性权威，证券监管和保险监管成为附属部门[3]，资本市场的发展因此受到阻碍。
三是简单的技术性调整不能适应金融监管的系统性要求。很多国家的金融监管机构存在的问题主要是监管目标不清、权责不明[4]。这种“不清”、“不明”，不可能通过机构的归并而消除，只会因为归并而加重，原以为建立集中监管机构的一大好处是强化责任，实际上却由于权责不明加重而增加了监管的道德风险。从日本经验来看，金融厅的权力过于集中，监管受到政治的牵制，出现了监管不力和监管真空的状况。因此，集中监管表面上实现了对金融业的统一、 综合监管，但集中本身并不能消除分业监管存在的弊端。
归根到底，集中监管遭遇的尴尬是由混业经营的特性所决定的。混业经营难以遏阻道德风险，这正是美国 1933 年通过《格拉斯－斯蒂格尔法》（Glass-Steagall Act），首创分业经营制度的原因之一。在混业经营下，商行加投行模式或金融控股公司模式导致金融风险的形成更为曲折、隐蔽，识别起来更加复杂和困难，而危机一旦形成，又具有传播速度快、波及面广、影响力极大的特点。金融机构业务的复杂和多样化曾被认为是金融机构分散风险、 发挥协同效应的重要手段，但次贷危机否定了这一推定的逻辑，金融产品的“创新” 将局部的房地产和银行信贷的风险迅速蔓延到一国的整个资本市场乃至全球金融市场。对于混业经营的金融机构来说，每项业务都要应对来自各方的竞争，对其拥有的资源、规划和管理能力都提出了很高的要求；对于金融监管机构来说，混业经营模式下各种业务相互交叉渗透，金融产品极为复杂，金融风险的监控和预防难度加大，容易出现漏洞。所以，简单的混业并不能够分散风险，关键是如何控制风险的串联和扩散，一个适宜于金融业健康发展的金融体制，需要一个相对保守的经营和投资环境，以及有效、可靠的监管，分业经营和分业监管就是具有这种效果的模式。
