至此，学术自由作为第一修正案的核心价值之一被彻底确立起来，面对立法对于学术自由的侵犯，公民可以寻求宪法的保护。在1985年的一个案例中，学术自由权的内涵再次获得最高法院的讨论，确认了机构自治也是学术自由的重要方面。[7]最高法院认为，学术自由的兴旺不只依赖于教员和学生自由和独立的思想交流，也在不同的层面依赖于学院的自主决定；基于学术理由决定接收谁入校学习的裁量权是大学的四项基本自由之一；在决定学生的学术表现和他们的晋级与毕业方面，大学教员必须有一种最宽泛的裁量权；当法院被要求审查这种学术决定的实质时，法官必须对教员的专业判断展示最大限度的尊重；除非证明负责的委员会或个人实际上没有执行专业判断，偏离了公认的学术规范，否则法官显然不能推翻他们的决定。
（2）学术自由的发展：自由的限度所在
经历了权利确立与扩充的时期之后，对学术自由的讨论一定程度上转向了对其界限的认识。没有不受限制的权利，否则人类的和谐共处就不可能。所以就应当避限制那种以学术自由的名义为自己的任性而为做掩护的情形。
在1987年的一个案例中，出现了政府以学术自由为名变相支持某种宗教信仰而违反立教条款的情况。[8]一项路易斯安娜州的法律要求州的公共学校必须平衡对待“创世科学”与“演化科学”。州法把这两种科学定义为证明创世和演化的科学证据以及由这些科学证据得出的推论，但并没有定义何为“创世”和“演化”。州法要求只要一种科学被教授，公共学校就必须教授另一种科学。为了“创世科学”，课程指导和研究服务才被发展和支持；禁止学校董事会歧视任何选择作为创世科学家或教授创世主义的人。州法宣称的目的是为了保护学术自由。公立学校学生的家长、老师和宗教领袖起诉州法违反了立教条款。最高法院的多数意见认为根据先例，如果立法机关的立法缺乏世俗目的，而证据证明立法被设计去推进特定的宗教教条或禁止教授某些教派所厌恶的科学理论，就违反了立教条款。最高法院发现本案中州法通过在公共教育的整体中以要么完全排斥演化论、要么反对演化论的宗教观点必须得到同时展现的方式来推进一种宗教教条；州法也没有推进其所宣称的保护学术自由的目标。因此，州法被认为试图利用政府的象征性和财政性支持以达成一种宗教目的，故而违反了立教条款。
在1990年的宾夕法尼亚大学诉平等就业机会委员会案中，对私立大学的学术自由，最高法院的解释倾向于限制其内涵。[9]显示了学术自由必须与其他宪法价值相协调的要求，也就更不能容许大学以宽泛的“学术自由”为名主张性别、种族等就业歧视。Rosalie Tung是私立的宾夕法尼亚大学的美籍华人副教授，宾大拒绝了她的聘用申请。她向平等就业机会委员会提出控告，认为该拒绝是为1964年《民权法》所禁止的基于种族、性别、和国别（national origin）的歧视。在该委员会的调查中，根据立法授权，委员会向宾大发出了传票，要求提供Tung和其他五位据称获得优待的男性教员的任职评审文件。宾大要求委员会修改传票，排除调取“保密的同行评审信息”。宾大主张政策考量和第一修正案的学术自由原则要求承认宾大具有一项适格的特权，或者委员会应当采取一种平衡的进路（balancing approach），只有在证明具备超越于相关性的特殊理由时，才能调取同行评审材料（peer review materials）。
