(2)部门设置分散化，缺乏集中。在我国，知识产权的行政管理工作分别由10个部门来负责，各部门分别管理某一领域的知识产权。这种管理模式的优点在于分工较细，职责分工较为明确，但会导致知识产权行政管理的成本过高。此外，在地方知识产权机构的设置上，除了商标局设置有一个自上而下的统一组织和管理体系外，对其他机构法律并无明文规定。这就导致了各地机构设置模式的多样化，致使地区知识产权管理工作差别较大，也给地区之间的协同管理造成一定的障碍。目前世界上大多数国家都对不同知识产权部门进行集中管理。[29]虽然我国成立了国家知识产权局，但该局主要行使的依然是原专利局的职能，仅增加了其统筹协调的职权，不能视为集中管理。总之，目前我国知识产权行政管理机构设置数量太多、职能太散，缺少一个统一的领导机构。这一状况应在今后的国家机构改革中得到改变。
(3)保护标准多样化，缺乏统一。由于知识产权行政管理机构的职能不同，往往造成“政出多门”，制度不一。例如我国制定了《植物新品种保护条例》，但在具体实施中却是由国家农业部与国家林业局各自制定实施细则，有关农业新品种和林业新品种的规定不尽相同。有时，由于知识产权管理机构职能的不同，还会造成权利的冲突。例如“金华”作为火腿商标被金华市之外的一家浙江企业在国家商标局取得商标权，而作为火腿的地理标记被金华市火腿协会在国家商品检验检疫局取得地理标记权。两项知识产权虽然都是经国家主管机关授权的，但权利主体不同，两者不可避免地会产生冲突。我国知识产权管理机构还存在职权重叠的问题，对同一事务可能会采用不同的管理标准。在我国卡拉OK收费问题上，国家版权局公告规定卡拉OK经营行业以经营场所的包房为单位，支付版权使用费。而文化部以享有对文化内容的监管职权为由，推出了“全国卡拉OK内容管理服务系统”，对所有卡拉OK经营场所以及其他单位实行免费接入、免费服务。这两种标准的适用是长期以来广泛争议的话题。
推动知识产权管理体制改革是今后一个时期的重要任务。日前公布的《国家知识产权战略纲要》，将“深化知识产权行政管理体制改革，形成权责一致、分工合理、决策科学、执行顺畅、监督有力的知识产权行政管理体制”作为战略重点，但改革之路任重道远，仍需要我们不懈努力。
五、“因循守成”还是“适时通变”：知识产权的司法体制
改革开放30年来，我国知识产权审判事业取得了重大进展，审判职能不断强化、审判领域不断拓展、审判质量不断提高。在我国加入世贸组织以后，知识产权司法保护受到国内外前所未有的高度关注，各级法院妥善处理各种复杂知识产权纠纷，依法保护当事人的合法权益。其司法保护成就主要表现在以下方面：一是建立了有特色的知识产权审判体制。20世纪90年代以前，我国没有专门的知识产权审判机构，而是将知识产权案件分散在民事、刑事和行政案件中分庭审理。1993年，北京市中级人民法院尝试将知识产权民事和行政案件划归到专门审判庭，至此我国有了首个知识产权审判庭。2000年10月，最高人民法院率先在其内部进行机构改革，将原知识产权审判庭改建为民事审判第三庭。目前，最高人民法院和31个高级人民法院都已设立民事审判第三庭，与此同时，在各省、自治区和直辖市政府所在地的中级人民法院也相应设立了知识产权民事审判庭，我国已经建立了最高人民法院和地方法院三级知识产权审判机构，并以中高级法院知识产权为主的审判格局。二是健全与完善了知识产权审判规范。知识产权的司法解释在我国的知识产权审判工作中发挥了很大的作用。在将知识产权民事案件的审理统一归口后，最高人民法院、最高人民检察院相继发布了一系列司法解释。这些司法解释总结了人民法院以往的审判经验，既有程序性的规定，又有实体性规定。最高人民法院发布了我国第一个涉及不正当竞争案件审理的司法解释（2007年）；最高人民法院、最高人民检察院出台了相关司法解释，进一步加大知识产权刑事司法保护力度，降低知识产权犯罪认定的“门槛”(2007年)。此外，最高人民法院还制定了关于审理注册商标、企业名称与在先权利冲突的民事纠纷案件若干问题的规定（2008年）。这些司法解释或规定，为充分发挥人民法院的审判职能作用提供了有力的司法保障。三是进行了有质量、有效率的知识产权审判活动。2004—2007年的数据表明，目前我国知识产权案件大幅度增长，审理范围不断扩展，结案率逐年上升，二审改判率逐渐下降，再审率不断降低。[30]近年来，我国知识产权案件类型几乎覆盖知识产权全部领域，包括著作权、专利权、商标专用权、商业秘密等不正当竞争纠纷案件等。最高人民法院审理的“雅马哈发动机株式会社”一案，判决浙江华田公司等赔偿雅马哈发动机株式会社830余万元。该案被认为是最高法院判决的外国当事人获赔偿最多的一例。北京市第一中级人民法院审理的电影盗版销售案，认定华纳兄弟娱乐公司等美国6家电影公司胜诉，也受到中外人士和社会各界的好评。
我国的司法体制在裁决争议、化解纠纷、制裁侵权等方面发挥了重要作用。但是，现行知识产权审判模式因循传统的民事审判方法，其程序配置、审判标准、诉讼管辖以及证据规则等都有待适时变革。
(1)关于审判程序配置问题。审判程序的脱节是目前存在的一个主要问题。首先，民事程序和行政程序的衔接。依照现行规定，行政机关查处案件可以责令停止侵权，但不能就赔偿问题作出决定，当事人可以对确认侵权的行政决定提起行政诉讼，对相应的赔偿问题提起民事诉讼。这在客观上导致同一法律关系分别由不同机关经不同的程序处理，既浪费法律资源，又可能出现裁决冲突。同时，在专利、商标权的确权诉讼中，通常是由私权的利害关系人提起，专利复审委员会、商标评审委员会只是被动地裁决。由两委代替一方作为被告，实际上重复一方当事人的诉讼请求。法院对这种具体行政行为一般只能撤销发回重作，不能直接变更；两委重新作出后，可能当事人仍然不服而又起诉，因此形成循环诉讼。
其次，民事程序和刑事程序的衔接。在涉嫌犯罪的知识产权案件中，我国实行传统的“先刑后民”原则。这样，在同一案件中可能出现刑事程序和民事程序对侵权的不同认定，在刑事程序中判决犯罪的，而在民事程序中却不认为侵权。同时，对此类案件实行“先刑后民”，当公安机关立案后，诉讼中的民事程序即中止诉讼，案件久拖不决，从而造成司法资源的浪费。
关于审判程序配置的问题，已经引起了广泛的关注。我国《国家知识产权战略刚要》提出，“完善知识产权审判体制，优化审判资源配置，简化救济程序。研究设置统一受理知识产权民事、行政和刑事案件的专门知识产权法庭。”目前我国某些省市已经成为知识产权审判模式改革的试点地区，并形成了独具特色的“浦东模式”、“福建模式”、“武汉模式”等，但成效如何，仍需经过实践的检验。
(2)关于审判标准问题。统一法官裁判尺度，减少当事人对司法公信力的置疑，是知识产权审判面临的重大问题。由于中国经济发展程度不同、地域性差别较大，不仅各地知识产权案件审判的数量和质量不同，而且会因为收入水平、相关市场规模等因素的不同而出现审判标准不统一。在地域管辖上，权利人倾向于在经济发展水平较高的地方起诉，以求获得更高的赔偿数额，侵权人则会选择管辖权异议，导致案件久拖不决。此外，地方保护主义也会使因审判标准不统一而产生不公平的现象。以驰名商标的司法认定为例，国家规定县级以上的中级人民法院可以认定驰名商标，但目前存在的问题是各地法院争相认定驰名商标，由于各地法院在商品经济发达程度及主观认知程度上的不同，驰名商标认定标准极不统一。
对此问题我国可以通过提高审判级别的办法加以解决。有人主张将最高人民法院作为上诉法院以统一审判标准，但是我国有严格的级别管辖制度，如此改革肯定困难重重。笔者认为，我国可以借鉴有些国家的办法，在适当的时候设立专门的上诉法院，以克服这一弊端。[31]
