第二，现行集体土地所有权行使制度以村级集体土地所有权为模板设置，不符合我国集体土地所有权制度的历史。正如前文所述，我国现行集体土地所有权来源于1956年的高级社土地所有权并在1962年以生产队土地所有权的形式得以确立。人民公社解体以后，村委会、村民小组等自治组织相继建立。原生产队的范围和村民小组的范围大致相当，而行政村的规模则大致相当于原来的生产大队。因此，以村级集体土地所有权为模板设置的现行集体土地所有权行使制度，不符合历史事实。
第三，现行集体土地所有权行使制度以农民自治组织为依托，不符合现代法制所倡导的公私法二元划分的原则和精神。根据《村民委员会自治法》的规定，村民委员会的设立、撤销、范围调整，由乡、民族乡、镇的人民政府提出，经村民会议讨论同意后，报县级人民政府批准；村民小组由村民委员会直接设立，奉行的是公法上行政决定的原则。但是，作为一种私法权利的集体土地所有权则是历史形成并经现行法律予以承认的，依据私法自治原则，不受任何行政机关的干预。因此，以农民自治组织为依托设置的现行集体土地所有权行使制度，不符合现代法制所倡导的公私法二元划分的原则和精神。
第四，在具体程序方面，现行法律对集体土地所有权集体行使制度的条文设置凌乱杂陈，极不统一。2001年《农村土地承包法》对土地承包程序做出了相对完整的规定和程序设置。但是，对于其他事项，如土地调整方案、土地补偿费使用分配方案等，则缺乏具体而可操作的规定。因此，我国现行法律对集体土地所有权行使中的诸多事项，厚此薄彼，缺乏系统考量和和统一规划。另外，对于集体土地所有权代表行使制度，现行法律没有设置任何制约所有权行使主体的程序，也存在重大漏洞。
正是由于我国集体土地所有权行使程序在法律规范设置上的粗糙简陋及其操作性和约束力的缺失，已经规定在法律文本里的集体土地所有权行使程序在实践中也没有得到切实的运用。2008年9月底10月初，内蒙古大学法学院组织的土地项目调查组在对内蒙古呼和浩特市、包头市、乌兰察布市等三地的调查中发现，召开村民会议或村民代表会议集体讨论表决土地征收补偿费分配事宜的村庄不到被调查村庄的8%（7.7%），而绝大多数是由村委会甚至当地政府直接决定的。这显然与《物权法》第五十九条的要求相距甚远。
