上述规定基本上确定了我国当前环境民事诉讼案件中举证责任分配的基本规则，但与国外相关理论和制度相比，存在诸多缺陷：其一，环境诉讼案件范围仅限于环境污染案件，这势必导致除此之外的其他环境侵权纠纷案件尤其是生态破坏案件依然适用民事诉讼举证责任分配的一般规则，即“谁主张，谁举证”。如此制度安排不仅会导致同质的环境案件的处理不一致，更重要的是会导致在环境破坏诉讼中，受害者因为无法举证而不能立案，或立案后在审理过程中以原告拿不出证据为由推卸加害者的责任，致使生态保护的目的无法达到。其二，虽然规定了环境污染损害赔偿案件实行被告举证制度，但却没有明确举证的范围和原告是否还有一定的举证责任，从而使得被告感觉承担了太重的举证责任，而原告则忽视了对必要证据的收集。在实践中，最具争议的就是原告要否对侵害行为和侵害事实之间的因果关系具有初步的证明义务。在一些案件中，法院和被告对“初步证明义务”的理解，导致被告负主要举证责任的制度无法实现，因为法院认为适用因果关系推定的前提不成立而拒绝适用因果关系推定。而原告往往出于对“举证责任倒置”的误解而在诉讼中准备不充分，导致败诉。其三，举证责任分配制度规则过于封闭和僵化，不能适应解决层出不穷、不断变化的环境民事纠纷的需要。对于法官裁量决定举证责任分配的案件没有规定应当考虑的因素和方法。
因此，为保证及时有效地制止污染，为环境侵权的受害人提供救济，在环境实体法规定无过错责任的同时，我国程序法上应规定相应的举证责任分配原则，而不是仅仅确定统一固定的举证责任分配规则。这种分配原则是：加害者对其行为没有产生污染或破坏以及免责事由进行举证；受害者对损害行为、损害的事实和二者可能的关联程度以及损失的大小负举证责任；其他可能出现的待证事实或主张的举证责任由法院根据案件的具体情况从平等保护、公平原则和诚实信用原则出发，综合当事人举证能力等因素确定举证责任的承担。例如，随着我国工农业发展以及城市化建设的不断拓展，农村的环境侵权案件，多为因工农业生产所带来的大气污染或水污染而导致农民、渔民和牧民的种植业、养殖业和生活损害，且大多为财产权益的损害。对于此类案件，在诉讼中，可借鉴日本的间接反证法或盖然性学说作为举证责任的分配方法；而城市市民则多因交通、建筑施工和社会生活噪声侵扰生活所困，严重者影响到了身体健康，是人身权益的损害，对这类案件的审理，可借鉴日本疫学因果关系说作为举证责任分配方法。
