第三，大法官委员会对行政长官制定的行政法规进行具体审查。现在澳门各级法院都有权审查行政法规的合“宪”性、合法性，这种审查是在涉及具体的法律、行政法规适用或具体的诉讼案件时，就行政法规是否与其法律、基本法相抵触的问题，进行审查的程序。在澳门回归以前，总督制定的法令与立法会制定的法律没有上下位阶之分，根据《澳门组织章程》第30条第一款a项，总督发出的任何规定有否违宪或违法是由立法会提请葡萄牙宪法法院审议，法院无权对此发表意见。如葡萄牙宪法第207条、《澳门组织章程》第41条第1款均规定，法院在审判案件时，不得适用与宪法及《澳门组织章程》的规范或原则相抵触的法律规范。“也就是说，任何澳门法院在审判案件过程中，可以审查所适用的规范是否符合宪法或《澳门组织章程》，但无权对其作出违宪性或违法性宣告。”[20]回归后，法院在司法实践中多次宣布行政长官颁发的行政法规违法，可能是基于法院有权基本法解释权而获得的对澳门立法会制定法律的解释权。澳门各级法院都能宣布行政长官颁发的行政法规违法，无疑会削弱行政主导制的合法性，对行政长官依法施政产生冲击。我们设计大法官委员会专门负责解释基本法等工作，大法官委员会在很大程度上行使“宪法法院”的职权，完全可以承担行政法规与法律冲突、行政法规是否符合《澳门基本法》等问题的裁决。这是具体的法律法规审查，具体的法律法规审查“是指法院在审理具体案件的程序中，如果认为其适用的某项法律或法规可能违反上一级法律规范，这样就对该项法律或法规的效力产生疑义。在这种状况下，必须停止该案的诉讼程序，而将案件移送到具有审查法律法规管辖权的宪法法院，对应当适用的法律或法规的效力进行具体的审查。”[21]对行政长官制定的行政法规的合“宪”性、合法性审查，只能由高层次的终审法院大法官委员会进行审查。这既防止澳门居民基本权利受到公权力侵害，又体现对行政主导制的尊重，也有利于政府加强对澳门经济社会事务的有效管理。
此外，大法官委员会受理澳门居民个人的宪法诉愿。任何澳门居民因主张其基本权利遭受公权力之侵害，且已用尽其它所有的法律救济方法，可以向澳门大法官委员会提起宪法诉愿。相关具体制度设计可参考、借鉴德国等大陆法系国家宪法诉愿的作法。
