但检视整部基本法及相关的安排，有问题的是，当澳门特别行政区的司法权与内地法院管辖权有冲突时，应如何解决！？全国人大常委会对基本法的最终解释权与澳门特区法院终审权于法制上有没有存在矛盾！？
澳门特区对于适用全国性法律的问题
在传统的主权理论下，法律的适用问题和一国的统治权范围，有着密不可分的关系。澳门特区既然是中华人民共和国领土的一部份，是中国主权所及的领域，在法理上自应适用中华人民共和国的一切全国性法律。惟在一国两制的政策下，澳门特区乃为具有高度自治的特别行政区。全国性法律除列于基本法附件三者外，不在澳门特区实施。凡列于基本法附件三的法律，由澳门特区在当地公布或立法实施。虽然已排除基本法附件三以外的全国性法律在澳门特区适用，惟在具体事实的实践上，仍有问题需要厘清。
第一点就是：基本法是澳门特区的根本法、最高法，也是确保澳门社会实行资本主义制度，享有高度自治权的基本法律依据。正因如此，每当论及中央与澳门特区关系时，中国宪法是否能在澳门特区适用，及其如何适用，是很重要的问题。
从法理上而言，宪法是一国的根本大法，在法律的位阶上，具有最高的法律效力，与宪法抵触的任何法律皆属无效[6]，而宪法亦是一国主权的表现，主权对内具有最高性和统一性，一切内国法皆属主权作用的延伸。在一国两制的架构下，中国宪法第三十一条与第六十二条虽然给予澳门特区无庸实行社会社义政治体制的高度自治模糊的法源依据，但基本法第一条即明白宣示，澳门特别行政区是中华人民共和国不可分离的部份，以强调国家主权的统一性。在探讨中国宪法于澳门特区的适用问题时，必须掌握在统一主权的基础上保障澳门特区的最大自治权限的原则，面对宪法与基本法适用上的冲突时，才可作出符合法理的适当解释。然而，基本法的制定、修改与最终解释权皆在全国人大与人大常委会，即使上述机关基于某些原因或出现特别情况，作出了对澳门特区的解释或修订有错误或有瑕疵的决定时，澳门市民也无从找出救济的管道[7]。法律的制定是有前瞻性、预期性、稳定性，若出现问题的时候才加以解释，则可能影响行政、司法效率。
