在厘清了香港法院司法权在特区以及国家层面的特定内涵之后可知，全国人大常委会在国家层面所进行的解释并不是对香港司法权或其普通法制度的侵蚀，而毋宁是一种宪法层面的合宪性控制。当然，这种合宪性控制一方面必须充分尊重香港法院基于个案所享有的终审权，另一方面其必须限定在宪法审查层面，比如对香港法院所适用的立法或解释进行宪法层面的解释或澄清等等。当然，由于基本法明确规定了香港的特区地位，全国人大常委会的合宪性控制只能以《基本法》第158条为基础并通过对基本法的解释来进行，而不能直接对香港特区的立法进行控制。这种合宪性控制对于“一国两制”是必要的。从马维騉案到中铁刚果案来看，特区法院在行使独立司法权过程中，虽然遵循了普通法下的司法独立原则，但已在一定程度上脱离了应有的宪法轨道，对此，全国人大常委会当然可以基本法为依据进行适当的合宪性控制。
在剖析了香港法院终审权、违宪审查权以及全国人大常委会的合宪性控制权的原理之后可见，目前一般理解认为的全国人大常委会对于《基本法》的解释权属于立法权的范畴，或者有学者认为这种解释权毋宁是司法权，[19]都具有一定的片面性，因为全国人大通过《基本法》第158条赋予全国人大常委会的宪法角色，并不是一种简单地在立法层面对《基本法》的解释，同时也是一种司法层面的合宪性控制。这种解释权兼具立法与司法特性：首先，这种对《基本法》的解释具有普遍约束力，当然具有立法性质；其次，根据《基本法》第158条，香港特区法院在审理案件时，如涉及到中央事务等情形，由其提请全国人大常委会作出解释，那么此时该解释在一定程度上也具有一定的司法性。但是，基本法只明确将司法权授权给特区法院，那么全国人大常委会所具有的这种司法性权力是否具有制度上的正当性、与“一国两制”原理一致呢？其实，不仅不悖，反而是完全契合！首先，这种司法性解释权并不是一般意义上的司法权，毋宁是宪法层面一种特殊的违宪审查权，并不与香港特区层面的司法权存在矛盾。当然，这种司法性解释权根基于国家主权理论以及《基本法》的授权，在性质上截然区别于香港特区法院的违宪审查权；其次，全国人大常委会作为最高国家权力机关的常设机关，具有行使这种司法性违宪审查权的制度正当性，因为代议机关作为主权的代表者自身可以享有一定的司法权，如实行议会主权至上的英国在其议会内部设立具有审判职能的枢密院。那么，全国人大常委会作为最高主权的执行者，在宪法层面行使一定的司法性审查权无可非议。再次，这种兼具立法及司法性的解释权完全符合宪法审查权的本质特性，因为宪法审查权本来就是如此，如德国宪法法院的判决不仅体现为司法性权力的行使，而由于判决处于宪法层面所具有的特殊性，其也体现为立法性权力的行使，而区别于普通法院判决的个案拘束力。
虽然“一国两制”下的香港双轨违宪审查权已很难通过传统“单一制”或“联邦制”理论予以阐释，但对特区法院终审权、违宪审查权、全国人大常委会对基本法的解释权进行宪法层面的剖析之后发现，各种权力在“一国两制”下各居其位、相互共生、互不冲突。如果产生了宪法性冲突，从马维騉案到中铁刚果案来看，其在一定程度上归因于权力在“一国两制”中的错位。
