虽然马维騉案也带来了一些关于香港法院是否享有违宪审查权的宪法争议，但整体而言，法院对于国家层面主权问题的明确谦抑姿态并没有扩散这场宪法性危机。但是，1999年发生的吴嘉玲案[4]可以说彻底在“一国两制”下挑起了一场宪法性危机，且最终在很大程度上是以政治方法而草草收场。法院基于《基本法》第19（1）条、第80条所规定的香港特区享有独立的司法权和终审权，明确指出，香港法院有权审查特区立法机关的立法或行政机关的行为是否符合《基本法》，如果有抵触，则可以宣布其无效。而且行使这种司法管辖权是法院责无旁贷的责任，没有任何裁量的余地。那么，法院当然也可以在《基本法》之下履行对立法及行政进行制衡的宪法角色，从而使其符合《基本法》。[5]虽然与马维坤案一致，法院也否定了当事人对临时立法会的合法性挑战，但是问题在于，法院在违宪审查权的范围上能动地向前又迈出了“一大步”。终审法院李国能大法官在判词中写道： 根据中国现行宪法第57和58条，全国人民代表大会是最高国家权力机关，其常设机关是常务委员会，二者行使国家立法权，因此他们的行为属于主权行为。特区法院审查上述二者之行为是否符合《基本法》来自于主权，因为全国人民代表大会根据《宪法》第31条制定了特区《基本法》。《基本法》既是全国法律，也是特区的宪法。和其他宪法一样，《基本法》既分配权力，也界定权限，并且制定各项基本权利和自由。特区法院在高度自治下享有独立的司法权，那么特区法院当然可以决定由此而产生的与《基本法》相冲突的问题，因此也可以决定全国人大或其常委会的行为是否与《基本法》相一致，虽然其也受制于《基本法》的相关规定。由此，特区法院当然具有管辖权去审查全国人大或其常委会的立法行为是否符合《基本法》，以及在发现与《基本法》相抵触时，可以宣布其无效。[6]更为积极能动的是，终审法院明确对上诉法庭在马维坤案中对于“全国人民代表大会的行为是主权行为”的结论进行了否定，而认为法院对其具有违宪审查权并宣布与《基本法》相抵触的行为无效。
法院这种以“国家主权”为后盾并以《基本法》为“依据”的司法推理及判决，立刻激起了大陆学者的激励批评，并致使新华社以新闻稿的形式明确指出，判决中有关特区法院可审查并宣布全国人大及其常委会的立法行为无效的内容，违反《基本法》的规定，是对全国人大及其常委会的地位，对“一国两制”的严重挑战。[7]以肖蔚云教授为代表的学者们更直接指出，审查香港法律是否符合《基本法》是全国人大常委会的权力，不是终审法院的权力。因为根据《基本法》第17条规定，特区立法报全国人大常委会备案，全国人大常委会在征询《基本法》委员会的意见后，如认为特区立法机关通过的法律有关中央管理的事务及中央与特区关系的条款不符合《基本法》，可将有关法律发回。同时根据《基本法》第160条，香港原有法律除全国人大常委会宣布同《基本法》抵触外，采用为特区法律。这些都表明审查香港立法机关通过的法律是否符合《基本法》的权力在全国人大常委会，而不是在特区终审法院。这样便更谈不上由香港法院来审查全国人大常委会的决定是否符合《基本法》。[8]这种立场无疑又明确否定了香港法院的违宪审查权。最终，可能迫于宪法性危机带来的“政治”压力，使得终审法院应律政司的要求罕见地就它之前作出的判词进行了“澄清”，表明其判词“并没有质疑全国人大常委会根据《基本法》第158条所具有解释《基本法》的权力”，“也没有质疑全国人大及人大常委会依据《基本法》的条文和《基本法》所规定的程序行使任何权力”。[9]虽然法院所采取的政治方法在很大程度上暂时平息了这场宪法性危机，但是政治上的较量并没有使得“一国两制”下香港法院的违宪审查权究竟该如何定位在学理上得以澄清。也许是缘于学理上的混沌模糊，香港法院在触及这一命题时，看似在《基本法》之下轮廓清晰，实则摸不着头脑。2010年发生的中铁刚果案[10]使得香港法院又一次由此而卷入了一场潜在的宪法性危机。在该案中，由于之前刚果民主共和国于80年代向南斯拉夫公司（Energoinverst）借巨款发展水电工程，之后于2003年在仲裁中败诉，接着则由美国对冲基金（FG Hemisphere Associates LLC）来承接追索此判决的债务。后由于获悉中国中铁股份有限公司及其子公司中国中铁（香港）等公司在刚果取得采矿权，但要支付逾2亿美元的入场费给刚果，该基金遂申请在香港执行原仲裁判决，要求法庭禁止中国中铁付款给刚果，而将采矿入场费用作抵偿原先债务。一审法官认为，该案所涉为国家间行为，不是商业行为，因此根据“国家主权有限豁免原则”，法院对此无管辖权，从而判决刚果胜诉。但在上诉过程中，上诉法庭法官则指出，除了1978年英国立法将主权国豁免权的法律扩展适用至香港外，回归之后一直没有全国性法律，因此香港得遵循普通法，沿用英国的“有限豁免权”原则，进而改判基金方胜诉。同时法官也指出，中国已于2005年签订支持“限制性豁免权”的《联合国国家及财产豁免权公约》，虽然至今尚未生效。但刚果方作为另一方当事人，对此则以《基本法》第十九条进行反驳，即香港特别行政区法院对国防、外交等国家行为无管辖权，而且期间外交部驻香港特派员公署曾两次发信重申中国的立场是奉行“绝对豁免权”原则。[11] 虽然国际法学者围绕“主权豁免”也发表了诸多看法，但是案件的命脉在很大程度上仍盘旋于香港法院在“一国两制”下的宪法角色问题。就法院将外交部所发表的中央立场置若罔闻而言，在一定程度上仍然与香港法院违宪审查权的限度相关。
