对于反垄断执法机构，我国采用了国务院反垄断委员会与反垄断执法机构并存的双层机构体制，反垄断委员会负责组织、协调、指导反垄断工作，国务院反垄断执法机构依照反垄断法的规定，负责反垄断执法工作。我国现行反垄断执法机构设置，其弊端是非常明显的。首先，我国反垄断法没有明确规定负责审查知识产权滥用行为的机构。这种规定不仅无法指引主管机关的具体执法，亦不能为企业及公众提供确切的指引，这一点从董正伟“对微软开展反垄断调查”的提议中就可看出。董正伟向商务部、国家工商总局、国家发改委提出建议对微软开展反垄断调查的申请，商务部率先表态，称该调查建议已转由外资司处理，但董正伟不久就又收到商务部的正式信函，称对微软等反垄断调查建议申请书确定由商务部“条法司处理”。正当人们以为该调查已经进入正式程序的时候，商务部条法司又以国务院“三定”方案授权为由，称商务部负责经营者集中的反垄断审查，董正伟提出的微软垄断行为不属于由经营者集中问题引起的，因此不在商务部反垄断审查的职责范围内。可见，我国知识产权反垄断执法机构的地位急需给予明确。
我国反垄断执法机构的分工是，发改委管辖价格垄断，工商总局负责对滥用市场支配地位的监管，商务部负责经营者集中的审查，这很可能在有些领域会发生执法机构之间管辖权重叠或空白的情况。知识产权是一个复杂的领域，某种知识产权行使行为可能涉及很多方面，因而很难将其划入上述任何一种分类。比如一个拥有某种知识产权的企业要购买另外一个与其具有竞争关系的知识产权，并因此可能影响市场中的竞争，那么该行为不属于经营者集中，也不是限制竞争协议，而在该协议完成之前又不可能形成市场支配地位，由哪个机构审查这种行为可能变成一个难题。从另一个角度来说，由于我国反垄断执法机构隶属于国务院的某个部，它会受到所属部委的牵制，在进行反垄断调查时，要让它同时受到反垄断委员会的监督，从保护竞争的角度出发，致力于维护市场秩序和消费者的利益，这也会使它陷入一种两难的境地。
我国反垄断机构还面临着与其他机构相配合的问题。我国设定了不同的机构分别对专利、商标和作品等行使管理权，它们不仅负责各自领域的执法活动，还可通过行政规章对法律作出解释。虽然这些解释“从其在司法上的作用讲，远不如最高人民法院的解释、批复或最高人民法院审判委员会所认可的判例”，“法院可能只在别无选择时，才会真的采用行政规章中对法的解释去处理案件”，“但是行政主管机关的下属倒有可能实实在在地依照行政规章对法的解释执法”{9}。这就要求它们应尽可能与反垄断执法相协调，但实际情况并非如此，正如中国区美国商会主席詹姆斯·吉莫曼指出，“这也是我们最大的困惑之一”，滥用知识产权的行为“由法院的知识产权庭或者国家知识产权局负责，但它们却被置于国家反垄断委员会之外。我们认为如果将负责审查滥用知识产权的执法机构也纳入国家反垄断委员会的框架内，可能更为合理”{10}。尽管吉莫曼的表达未必准确，但是中国反垄断执法机构和其他机构间的协调机制方面，确实存在欠缺。
