第五，明确了非法证据排除过程中法院对证据调查核实的职责，即法庭对于控辩双方提供的证据有疑问的，可以宣布休庭，对证据进行调查核实。必要时，可以通知检察人员、辩护人到场。
第六，明确了与非法证据排除有关的二审程序。规定要求，对于被告人及其辩护人提出的被告人审判前供述是非法取得的意见，第一审人民法院没有审查，并以被告人审判前供述作为定案根据的，第二审人民法院应当对被告人审判前供述取得的合法性进行审查。
然而，《非法证据排除规定》在排除非法证据的程序性规则方面仍有粗疏之嫌，或者存在不合理之处。主要有以下几个方面：
第一，裁决证据是否排除的主体与审判案件的主体同一。按照规定，被告人及其辩护人在开庭审理前或者庭审中，提出被告人审判前供述是非法取得的，法庭在公诉人宣读起诉书之后，应当先行当庭调查。据此，调查供述是否合法的审判组织与法庭审理的组织为同一主体。在这样情形下，即使庭前非法取得的供述被合议庭依法排除，但是，由于裁决者已经接触并知晓了非法证据的内容，受“首因印象”的影响，这些承认有罪的材料不可避免的影响裁判者的心证。虽然我国法律对被告人的定罪证明标准界定为“犯罪事实清楚，证据确实、充分”，《办理死刑案件审查证据规定》将“证据确实、充分”细化为：（1）定罪量刑的事实都有证据证明；（2）每一个定案的证据均已经法定程序查证属实；（3）证据与证据之间、证据与案件事实之间不存在矛盾或者矛盾得以合理排除；（4）共同犯罪案件中，被告人的地位、作用均已查清；（5）根据证据认定案件事实的过程符合逻辑和经验规则，由证据得出的结论为惟一结论。但这种“证据查证属实”、“不存在矛盾或者矛盾得以合理排除”、“结论惟一”仍然属于主观判断范畴。①尤其是受裁判主体的经验影响。这就很有可能导致，非法供述虽然在形式上排除，但实际上仍然能够对被告人定罪起到重要作用甚至是决定的因素。
基于此，笔者认为，应当将审查证据合法性的主体与审判案件的主体分离。与之对应，对供述的合法性调查的程序应当设立在法庭审判程序之前，而不能将其合二为一。按照此思路，被告方提出非法证据排除的时间应当在收到起诉书副本后至庭审前提出，而不应是规定中界定的在“法庭辩论前”。法律解释可以将非法证据的排除程序融入到庭前审查程序，因为庭前审查基本上是程序性审查，其目的也是为开庭审判作准备。这样既可以避免应当排除的非法供述影响案件裁判者的心证，也可以避免庭审阶段因为审查证据的合法性导致案件延期审理，从而达到集中审理和实现诉讼效率的目的。
第二，对于非法物证、书证的排除，《规定》没有涉及操作性程序。第14条规定：“物证、书证的取得明显违反法律规定，可能影响公正审判的，应当予以补正或者作出合理解释，否则，该物证、书证不能作为定案的根据。”此条只是规定了非法物证、书证排除的条件，而对于排除的程序，包括提出排除动议的时间、提出排除动议的主体、举证责任、如何审查以及排除之后如何处理，规定均未涉及。
《规定》的意图比较明显，即对于非法物证、书证是否排除，在很大程度上交由法院自由裁量。笔者认为，如果按照现行规定，受传统“重实体、轻程序”，“重惩罚、轻保障”的诉讼观影响，法院能否排除或者排除多少非法物证、书证，不能不令人怀疑。另外，由于没有一个独立的排除程序，与上述理由相同，即使法官在形式上排除了非法物证、书证，由于该证据已经影响其心证，实际上并没有达到排除的效果。
为了落实非法实物证据的排除规则，笔者认为，在我国设立证据展示或者证据交换程序的前提下，与排除审前非法供述一样，在庭前审查阶段，被告人及其辩护人就可以对非法物证和书证的排除提出动议。这样既可以避免应当排除的物证或者书证进入审判阶段影响裁判者的心证，也可以为控方提供予以补正的机会，避免在审判阶段提出影响法庭对案件的正常审理，减少庭审过程中不必要的延期审理的次数。当然，如果在审判阶段，被告方才发现物证或者书证非法取得而应被排除的，被告方也可提出。具体的设计可以参照上述非法言词证据的排除程序。
