从笔者的调查研究结果看，目前中国内地的行政调查制度运行中存在的主要矛盾和突出问题是：
1.行政调查主体资格如何确认的问题。在行政实务中常出现随意开展行政调查的现象，一些不具备行政主体资格、不是出于行政管理目的、没有法定授权或行政委托关系的组织也开展行政调查。行政调查对于受调查者来说是一种行政行为，存在主体资格问题的行政调查行为会带来违法侵权的风险。
2.行政调查的助手和公众参与的问题。行政调查是一个多元素、多环节的社会系统工程，需要各方面的参与、支持和帮助，这是行政民主化潮流下行政调查满足全社会对行政管理的现实需求的重要条件之一。但目前许多机构和人士对此缺乏正确的认识和态度，妨碍了行政调查的行政助手制度、公众参与制度的顺利推行。例如，广州市公安机关号召市民协助拍摄交通违章照片的行政调查创新举措受阻的教训就非常深刻。6年前，广州市每天有200万辆左右的汽车行驶在城市的道路上，交通警察只有2000名左右，交通违章事件非常多，调查任务极重，交通警察疲于奔命，民众和政府都不满意。为解决城市交通安全管理中这一突出问题，决定发动民众来协助调查，广州市公安局在媒体上发布了一个通告（亦即一个合作型的抽象行政指导意见），号召市民拍摄交通违章照片提供给公安机关，查证属实且符合通告要求的照片提供者，每张照片给予20元的行政奖励，并以此照片作为证据线索依法查处违章车辆。此创新举措很快产生了交通安全共同治理、政府民众各方满意的积极效果。但有一位因被拍违章照片受到处罚的广州市民赖先生认为，公安机关把国家赋予的行政处罚权的组成部分——行政调查权交给老百姓行使，是没有依法行政的表现，对以市民所拍违章照片作为证据的行政处罚不服而提起诉讼。广州市中级法院于2004年11月作出的生效判决否定了号召市民拍摄违章照片协助行政调查的做法，迫使广州市公安局在媒体上再度发布通告，暂停实施此项行政指导和行政奖励举措，号召市民协助行政调查这一创新举措就此夭折，留下了极大的遗憾。
3.行政调查成本和效益不协调的问题。行政调查是一个复杂的社会系统工程，主体很多、成本很高，由谁埋单、如何分担成本的问题一直没有解决好，既存在行政机关大量调查、独自埋单、成本高、难以为继的现象，同时也存在行政机关动辄发号施令、转嫁调查成本、加重企业（社会、民众）负担的现象。
4.行政调查所获信息如何保密的问题。政府获得的信息是个人信息（私信息）的常见存在形式之一，行政调查所获信息保护不力的问题在信息社会尤显突出，伤害性特别大，有关案件和重大教训也非常多，亟须依法加以妥善解决。
