《物权法》第42条规定：“征收集体所有的土地，应当依法足额支付土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗的补偿费等费用，安排被征地农民的社会保障费用，保障被征地农民的生活，维护被征地农民的合法权益。”这一条规定是对被征用财产所有权的补偿。在征用的过程中，农民不仅损失了其按份额共有的耕地所有权，而且还损失了其基本农田承包经营权。《土地管理法》第47条规定：“按照被征收土地的原用途给予补偿，”也就是说补偿标准是按照农民自主经营基本农田所得利益进行补偿，从价值上来，现行土地征用补偿标准只够补偿农民损失的土地承包经营权，而不够补偿其按份共有所有权的损失。政府征用基本农田过程中的无偿性，也证明了基本农田法律处分权国有。
三、限制农民基本农田自主经营权
我国基本农田的所有权归农民集体所有，农民个人无法独立拥有排他性的基本农田所有权并获益，为了在一定程度上保障和维护农民的基本利益，《土地承包经营权法》为农民创设了基于农用地的用益物权，即土地承包经营权。《物权法》第125条也规定：“土地承包经营权人依法对其承包经营的耕地、林地、草地等享有占有、使用和收益的权利，有权从事种植业、林业、畜牧业等农业生产”。土地承包经营权人依据其在集体土地共同所有权中所占的份额，承包相应面积的农用地。土地承包经营权是一种用益物权，关于土地承包经营权的权能，《农村土地承包法》第16条也做出了相应规定，其中第1款是：“承包方依法享有承包地使用、收益和土地承包权流转的权利，有权自主组织生产经营和处置产品”，由此可以得出，农民拥有的土地承包经营权包括自主经营的权利。
但是《基本农田保护条例》却限制了基本农田的自主经营权，其第17、18条分别规定，“禁止任何单位和个人在基本农田保护区内建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他破坏基本农田的活动；”甚至“禁止任何单位和个人占用基本农田发展林果业和挖塘养鱼；禁止任何单位和个人闲置、荒芜基本农田。”也就是说基本农田必须也只能用于粮食生产，甚至不能种植经济作物，基本农田承包方的自主经营权遭受到了严重限制和削弱。目前，种粮是农民获利最少的一种经营方式，如果只能固守于这一经营方式而无权做出任何改变，那么农民的自主经营权也是流于空谈，“承包经营权利人在取得承包经营权利时，必须负有‘达到承包指标’的义务，即承包经营权的权利内容不具有物权的独立性特征。”[5]因而，通过土地用途的严格控制管制，也实现了基本农田自主经营权的国有。
