首先是农民集体只能将农民共有基本农田所有权转让给国家。国家一方面非常严格地限制占用基本农田，只有在国家重大工程必须要占用基本农田时才能占用；另一方面在占用基本农田的过程中，要先将基本农田的所有权转为国家，再转换成建设用地。《土地管理法》第11条规定：“农民集体所有的土地依法用于非农建设，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设地使用权，”第43条规定：“任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须申请使用国有土地；……；国有土地包括国家所有的土地和国家征用的原属于集体所有的土地，”“农民集体并无这样的独立性，不能像法人与自然人一样具有法律上的人格”，[2]不能够以自己的名义享有权利和承担义务，不具有意志自由。
其次，基本农田所有权国有化的过程是国家依据土地利用总体规划有序进行的过程。农民集体既无权主动转让基本农田所有权给国家，又不能在国家有需要时拒绝转让其基本农田所有权。各级人民政府依据权限分别制定土地利用总体规划，而《土地管理法》第21条规定：“土地利用总体规划实行分级审批。……乡镇土地利用总体规划可以由省级人民政府授权的设区的市、自治州人民政府批准”。农民集体无权制定自己的土地利用总体规划。政府先制定规则向农民集体征收土地转变为建设用地，再由政府将建设用地使用权转让给建设单位，在一这过程中，“政府在土地管理中扮演仲裁者，在土地征用中扮演买者，在出让土地过程中扮演卖者，但规则主要由政府制定的”。[3]由于“政府作为理性经济人，既不比普通人卑鄙，也不比普通人高尚，也具有追求自身利益最大化的倾向，政府实际上是以参与者和管理者的双重身份进入到征地的博弈之中的”。[4]因此政府会利用管理者的身份，在征地过程中压低土地补偿金，乱占、滥征土地以谋取利益，最终导致政府由管理者走向其反面，成为基本农田的最大破坏者，政府不仅损害了农民利益，而且损害了公共利益。
再次，对被征地农民的补偿没有体现对其基本农田共同所有权份额的补偿。关于基本农田所有权的转变方式，一共出现过两种表述，即“土地征用”和“土地征收”。2007年《物权法》通过之前，对这两个表述的界定不很清晰，2007年的《物权法》对二者做出了明确的区分。《物权法》第42条规定：“为了公共利益的需要，依照法律规定的权限和程序可以征收集体所有的土地；”《物权法》第44条规定：“因抢险，救灾等紧急需要，依照法律规定的权限和程序可以征用单位、个人的不动产和动产。被征用的不动产或者动产使用后，应当返还被征用人。”也就是说“征用”是短暂地改变动产或不动产使用权，适用于紧急情况；而征收则是永久性地改变动产或不动产的所有权，适用于正常情况。当国家按照土地利用总体规划利用基本农田时，属于“征收”基本农田。
