一是强化国土的行政作为，加大制止和处罚力度。《中华人民共和国土地管理法》第八十三条规定了行政机关对违建行为具有的制止权，《中华人民共和国行政诉讼法》第六十六条更是赋予了行政机关对不服行政机关作为的生效具体行政行为“可以申请人民法院强制执行，或者依法强制执行”的强制执行权。只是由于行政法律、法规没有明晰“制止”和“强制”的适用条件和可用措施，缺乏操作性，国土行政部门为规避行政赔偿风险由此主动放弃了法律赋予的行政权力，一味依靠法院的强制执行权，致使法律赋予的行政强制权力空置，国土自身执法乏力。由于司法严格的程序性导致执法的滞后性，违建房既成事实，在违法制裁效果和相对人利益衡平时，法院执法陷入困窘，依法制裁和打击违法占地建房行为效果甚微，导致违建行为屡禁不止。在此，法律应明晰行政机关行使“制止”和“强制”的适用条件和措施，便于行政机关主动积极作为。因国土部门的积极作为，相对人不服或因作为错误造成相对人损失的，应纳入国家赔偿范畴，由相对人申请启动国家赔偿程序进行救济。
二是探索新的管理方式，满足农村建设需求。历史经验证明，在社会管理中，疏导才是科学合理选择，治理农村违法占地建房不能用堵塞方式防守，应建立相应机制疏导。首先是着手农村规划，保障农民建房的地基需求。改善生存条件是新农村建设的必然要求。土地曾是农民生产生活的命根子，农民对土地怀有深厚感情，保护耕地观念意识浓厚，农民建房大多自觉地建在坡地、荒地上。由于时代变迁，土地增值效益远低于工业效益和打工经济效益，加上国家建设和小城镇建设大量征用、征收耕地的导向作用，和农村年轻人生存幸福观念改变等因素，农民对土地感情淡化，农民改建住房，纷纷选择迁离原来生活不便的原基地，或向小城镇集中，或向平地搬迁。新农村建设并没有跟上农村这一发展变化的需求，改善村居环境尚为村民个体自发和自为。由于农村集体没有基地提供，也为了节省开发基地费用，农民就占用自家的责任田、土建房，发生违建行为。为适用农村建房的新需求，农村应尽快进行乡村建设统筹规划，统一规划农村住房建设用地，变农村建房的无序性为规划性。农村集体提供规划基地，农民是不会甘冒受到处罚的风险而违法占地建房；其次是强化乡村自治，让农村集体组织获得土地增值效益，培育农民对土地的感情，在违法占地建房的查处中，应调整利益分配制度，罚款应有相应比例返还村级组织，提高村级组织和村民自我监督的积极性。农民关注土地权益了，对违建的监督和制止就有即时性和实效性；
