四是法律关系复杂。农村土地承包经营权流转纠纷不同于一般性民商事案件，它涉及的法律关系往往广泛而复杂，不仅受土地管理、农村土地承包等土地法律的调整，还受合同法、国家土地政策、各省土地管理办法等法规政策的约束。这些与土地相关的法律、法规、政策、规定等交织在一起，错综复杂，随着时间推移甚至会有冲突，从而导致对该类纠纷法律关系的界定和处理带来模糊和困惑。
二、当前农村土地承包经营权流转纠纷频发的原因
（一）土地政策和城乡区域调整。鉴于特有国情和历史背景，我国的农村土地政策经历过多次的变革和发展，再加上近年来城乡区域的重新规划和调整，导致我国农村部分土地的权属、性质发生了变化，甚至出现有“飞地”、“一地多主”等情形，这在经济发达的东部地区尤为明显。
（二）产业转移导致农村土地价格上涨。近年来，随着土地资源的稀缺紧张，我国城市土地价格倍增飞涨，用地也趋于饱和，很多企业为降低成本、增加竞争力，逐步将产业向农村转移，从而导致农村土地价格的上涨。
（三）用地企业擅自改变土地用途。根据法律规定，农村流转承包的土地一般应用于农业经济建设，而部分企业为追逐利益，往往在合法取得农村土地使用权后擅自将承包土地用于非农业建设，改变土地流转用途。
（四）承包年限过长，土地租金缺乏调整。为了实现生产经营的稳定、持续，我国农村土地流转承包的年限一般较长，很多时候约定的租金收益与地价的飞速上涨不匹配，而企业往往坚守当初的承包合同，不愿适时调整提高租金，导致农户和农民利益受损，进而引起矛盾纠纷。
三、改变当前农村土地承包经营权流转纠纷频发的对策建议
（一）着力清理农村土地历史遗留问题。针对土地二轮承包、农业税费减免等政策给农村土地带来的问题和变化，建议相关土地管理部门加强重视和管理，及时清理我国农村土地的历史遗留问题，减轻土地流转的“历史包袱”，减少矛盾隐患。
（二）建立健全农村土地承包经营权流转程序和档案。鉴于现行法律、政策等对农村土地流转的权利义务及原则等规定的较为详细，而对流转程序的规定相对较少、过于笼统的现实。因此，建议相关立法和管理部门建立和完善农村土地承包经营权流转的程序立法，细化土地流转的操作流程，防止现实中流转程序混乱、多次流转等情景的出现，确保我国农村土地承包经营流转依法有序进行；同时建立健全土地流转档案，加强相关部门对农村土地流转的登记、管理、监督和控制，杜绝非法流转农村土地行为的发生。
