此外总统还有权指定独立规制机构中的某一成员为该机构主席，总统还可无需任何理由即将规制机构主席“降为”规制机构的成员。[94]事实上独立规制机构主席往往和总统同一党派。此外，作为一项不成文的政策，某些独立规制机构在选任内部高层管理人员时，还会咨询白宫的意见。[95]
2.免职权
1887年《州际贸易法》规定，总统只能以“无效率、玩忽职守或渎职”为缘由，免去州际贸易委员会成员的职位。之后支配独立规制机构的授权法律中多做了类似规定，但总统在认定何为“无效率、玩忽职守或渎职”时，具有相当的裁量权。事实上，如果总统要求独立规制机构的成员辞职，尽管成员可以拒绝辞职，但更多情况下规制机构成员仍会选择辞职；尽管规制机构成员可以对总统的免职决定提起诉讼，但实际上这样的诉讼并不多见。
3.概算权
美国宪法规定预算权归国会所有，但出于现实的需求，自1921年《预算和会计法》实施之后，总统有概算权，在计划和安排国家财政方面具有主导地位。美国总统通过管理和预算办公室（OMB）来审查独立规制机构的预算请求，管理和预算办公室也可能对规制机构的预算请求加以修改。这也是总统影响独立规制机构的重要途径。[96]
4.对诉讼的影响
在与规制机构有关的诉讼中，大部分情况下是作为司法部第四把手的政府律师总长（Solicitor General）代表规制机构出庭。总统直接控制司法部，从而控制了独立规制机构的诉讼策略。政府律师总长可以在未经规制机构同意的情况下，决定在案件中的诉讼策略。[97]政府律师总长在诉讼中所采取的立场，有时与规制机构也不完全一致。[98]
5.间接的影响方式
总统会以间接的方式影响独立规制机构的行为。总统会通过正式的会议，通过私人关系，通过某些由行政部门和规制机构共同参加的协调机制，来影响规制机构的运行。例如，在1987年10月美国证券市场暴跌之后，里根总统于1988年3月颁布行政命令，成立了包括括副国务卿、CFTC主席、美联储管理委员会主席、证券交易委员会主席为小组成员的“总统金融市场工作组”，规定在这个工作组向总统汇报之前，证券交易委员会不得针对市场暴跌等采取独立的举措。[99]
（三）法院的司法审查
独立规制机构具有制定规则、形成政策、裁决个案等广泛的权力，但司法依然是社会生活中的最后一道防线，法院可以根据《联邦行政程序法》的规定，根据司法审查实践中形成的判例，来审查独立规制机构的活动是否违法，是否侵犯宪法权利，是否越权，是否滥用裁量权，是否没有事实根据，是否缺乏“可定案证据”，从而监督独立规制机构的活动，捍卫相对人的权益。
五、对独立规制机构独立性的讨论
（一）何为独立规制机构的独立性
美国行政法和规制研究文献中有大量对独立规制机构独立性的讨论，论题集中于独立规制机构有无独立性，独立性的程度和特征。独立性可被视为独立规制机构和传统行政部门的最主要区别，独立规制机构的独立性主要体现于以下三个方面。
1.成员的独立性
独立规制机构成员的独立性，有赖于以下三方面的因素。首先，任命独立规制机构成员时需考虑党派间的政治平衡，从而弱化党派和利益团体的影响，以使决策者相对绝缘于政治之外。[100]其次，规制机构成员的任期常常长于一届总统的四年任期，同一规制机构中不同成员任期的起止期都是不同的。其三，总统只能基于特定原因，在特定条件下才能免去独立规制机构成员的职位。独立规制机构成员的独立性，保障了机构的独立性。
2.合议制的决策程序
独立规制机构多是委员会式的，独立规制机构的决策程序是合议制的，而不是由某个领导人决定，这是独立规制机构有别于传统行政部门的又一典型特征。合议制的决策程序意味的是合意式、反省式和多元化的决策机理，它所关注的不仅仅是效率，更关注公正、可接受性和准确性，而不是效率的单一维度。[101]
3.管辖范围的特定性
独立规制机构只对特定范围的事务有管辖权，并制定规则、作出裁决、提起诉讼。它们重复性地去处理复杂或常规性的事务，在相应规制领域习得专门知识，使得决定更符合成本-效益的要求，更具反思性。
独立规制机构成员的独立性，合议制的决策程序，管辖范围的特定性，这三者构成了独立规制机构的重要特征，使独立规制机构具有了较传统行政部门更多的独立性。
（二）独立规制机构在分权体系中的地位
美国联邦宪法中规定了立法、行政和司法分支的宪法地位，规定了权力分立和权力架构框架，但未对独立规制机构在分权体系中的定位加以明确规定。那么在美国的宪政和分权框架下，独立规制机构应该有怎样的宪法地位，美国学界也围绕此论题展开了无尽的讨论。
1.“国会的臂膀”理论
“国会的臂膀”（arm of congress）理论认为，独立规制机构是国会的创设物，因此它们是国会的规制机构，在分权体系中是立法分支的一部分。在Humphrey''s Executor案的判决中，即认为联邦贸易委员会是“国会的规制机构”。 [102]国会和国会委员会尤其偏爱此论说。
但这样的论说存在逻辑上的断裂。假设独立规制机构确然是“国会的手臂”，那么它制定规则时，就应遵循美国联邦宪法第1条第8款规定的立法程序。[103]而事实并非如此，以此进路来说明独立规制机构的合宪性，似缺乏足够的说服力。
2.“第四部门”理论
另一种较为常见的论说认为，独立规制机构不属于已有的立法、行政和司法分支中的任何一个，它“独立”于政治和司法分支之外，构成了政府的“第四部门”。这与其说是一种理论，毋宁说是一种对实态的描摹。依此理论，独立规制机构在美国宪法文本中并无容身之处。[104]实际上独立规制机构也并非“无头的第四部门”，其也受到总统、国会和法院的影响，当独立规制机构面临诸多现实的宪法课题时，“第四部门”理论并无充分的解释力。
