3.廉租资金来源问题。“廉租管理办法”第八条规定了城镇最低收入家庭廉租住房资金的来源。从已开展廉租住房试点的城市看，各个地方所规定的廉租住房资金来源渠道也与“廉租管理办法”所规定的差不多。但从实际操作来看，以上几个途径都不同程度地存在一些问题。另外，对于一些经济欠发达的城市地方财政无法提供足够的资金用于廉租住房补贴或建设。
虽然全国已开始试点部分土地出让金收入用于廉租住房，但截至2006年底，全国用于廉租住房的土地出让净收益仅为3. 1亿元，与每年政府将近五六千亿的土地出让金收入相比，对于廉租住房的投入显然是微不足道。另外，光靠政府财政投入而没有市场化的筹资运作，廉租住房制度也很难持续发展。因此与众多家庭急迫的廉租住房需求来比，资金的落实是我国目前廉租住房进展缓慢的一个瓶颈。
4.廉租住房房源问题。“廉租管理办法”第十条规定了实物配租的廉租住房来源。但实际上，我国目前城市中的公房多数通过房改售给了个人，能腾退的和正由最低收入家庭承租的为数不多。政府和单位兴建适合标准的住房受到资金的制约，而社会捐赠廉租住房也不多。并且随着城市旧城改造步伐的加快，大批平房和小户型旧楼房被列入拆迁范围内，城区内的低档住宅越来越少；而随着城市化的发展，进城劳务人员越来越多，对低档住宅的需求也随之增多。因此，廉租住房房源不足是目前廉租住房进展缓慢的又一个瓶颈。
5.退出机制问题。建设部、民政部《城镇最低收入家庭廉租住房申请、审核及退出管理办法》第十四条规定：“享受廉租住房保障的最低收入家庭应当按年度向房地产行政主管部门如实申报家庭收入、人口及住房变动情况。房地产行政主管部门应当每年会同民政等相关部门对享受廉租住房保障家庭的收入、人口及住房等状况进行复核，并根据复核结果对享受廉租住房保障的资格、方式、额度等进行及时调整并书面告知当事人。”但实际上，由于缺乏对廉租住户的资格动态管理以及退出机制的有效核查制度，造成了一部分已不符合廉租条件的家庭出现了“搭便车”的情况。甚至将廉租住房再转租给他人，收取租金收益，从而占据了原本就为数不多的廉租住房，而使得那些迫切需要得到廉租住房的家庭却仍然无处可住，这都源于监督机制和退出机制的不完善。
