3.生态孤岛问题。为了维护生物多样性，根据《生物多样性公约》第8条规定，每一缔约方应尽一切可能，建立一种保护区制度，并在保护区内采取特殊措施，保护生物多样性。许多国家建立国家公园或自然保护区制度，就是运用法律手段来维护生物多样性的一种方法。生态系统是一定区域经过长期历史形成的生态平衡关系，它不受国界、行政区划的影响。中国与东南亚国家唇齿相依，或边境相连，或一衣带水，地理环境的接壤使得中国与东南亚生物物种之间的迁徙和交流比较频繁。野生亚洲象是一种珍稀动物，一部分分布于西双版纳国家级自然保护区与老挝南木哈国家级自然保护区，农田、耕地、橡胶林等，把亚洲象的栖息地变得支离破碎，亚洲象就生活在一个个这样的生态孤岛上面。我国与老挝合作建立跨境保护区域，促进了以亚洲象为主的野生动物保护，这种模式应进一步推广。又如：我国云南省与缅甸克钦邦毗连，高黎贡山横越两国边界，高黎贡山是我国国家级自然保护区，也是缅甸伊洛瓦底河流域的重要组成部分，也是濒危动物绿孔雀的栖息地。由于缅甸在森林保护法律体系建设方面还不够健全，中国在保护原始森林的同时，缅甸方却在砍伐。同时，因为没有法律协调，非法砍伐的木材又可以卖到中国，形成一种对自然保护区孤立保护的现象。
　　
　　4.家园变公园问题。成立自然保护区或国家公园，还带来另一个与遗传资源保护密切相关的问题，即自然保护区的当地居民或土著民的传统知识保护问题。一定的自然环境形成一定的文化，保护文化就是保护环境。国家划分的自然保护区或国家公园，往往与维持传统性生活方式的当地居民或原土著民生活空间相重叠，从而对于当地居民或土著民族而言，长期以来与自然界的和谐关系，如今反而导致了“家园变公园”的种种限制。菲律宾和泰国的一些立法，就是通过维护传统知识来维护生物多样性。在当地居民或土著人生活的环境中，由于没有受到近代工业社会对资源的疯狂掠夺，保留着丰富的“遗传资源”。可以说，原生态的自然环境得以保护，当地居民或土著人功不可没，他们才是这块土地的真正主人，应享有这些资源带来的利益。中国与东南亚贸易区建立后，旅游成为拉动区域经济发展的强大动力，如何在国家公园的保护运用中，协调国家、社区和个人在遗传资源及相关传统知识的利益和责任分担，也需要法律沟通。
　　
　　5.转基因食品的安全性问题。利用生物技术开展农作物育种是农业科技的发展方向和必然趋势，美国的玉米很多是转基因的。袁隆平院士认为，转基因技术是分子技术中的一类，因此必须加强转基因技术的研究和应用，没有技术就没有地位。我国水稻杂交技术虽然现在居于世界优秀行列，但维护其竞争力，必须进一步研发转基因水稻。只有我国具有了转基因产品的自主知识产权，才能提高在国际市场中的竞争力，否则就会被美国这些发达国家垄断转基因产品市场[7]。美国孟山都公司在转基因种子方面建立起大规模的完全封闭的平台，没有任何一个平台可以与其竞争。根据孟山都相关规定，农民必须每年购买其新种子，如果有谁违反了规定，孟山都将永远不会再向其提供任何技术。对转基因食品的商品化，环境保护部南京环境科学研究所研究员、生物多样性保护研究首席专家薛达元表示反对。他认为，至今国外对主粮的转基因品种一直不敢商业化生产，美国虽然批准了玉米、大豆的转基因商业化生产，这些主要用于饲料和榨油，而用于主粮的转基因小麦研究虽然早已成功，但是从来没有批准为商业化生产，因为小麦是西方的主粮，相当于中国的水稻。因此，对转基因水稻的商业化生产一定要慎之又慎，否则，潜在风险太大，出了问题谁也担不了责任[8]。中国面临的这些问题，东盟各国也会出现。菲律宾为世界最大的大米进口国，近年来积极进行转基因稻米的农田试验。据菲律宾《马尼拉公报》3月18日报道，总部设在马尼拉的国际水稻研究所所长罗伯特·齐格勒宣称，菲律宾很可能在2011年成为继中国之后批准大规模种植转基因稻米的亚洲国家[9]。

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