2、程序方面
政府在信息公开的实际操作中设定了苛刻的保密审查程序。我国《
保守国家秘密法》第
十一条规定，“各级国家机关、单位对所产生的国家秘密事项，应当按照国家秘密及其密级具体范围的规定确定密级。对是否属于国家秘密和属于何种密级不明确的事项，由国家保密工作部门，省、自治区、直辖市的保密工作部门，省、自治区政府所在地的市和经国务院批准的较大的市的保密工作部门或者国家保密工作部门审定的机关确定。在确定密级前，产生该事项的机关、单位应当按照拟定的密级，先行采取保密措施。”在实际操作中，如果有公民申请政府信息公开，负有公开义务的机关只要认为此信息涉及国家秘密并申请审查部门启动保密审查程序，该信息就不能在审查期间被公布。一旦审查部门把该信息定位“国家秘密”，公众根本无法获取该信息。设定保密审查程序是必要的，但在目前政府信息公开的实践中，但定秘权没有得到很好的监督和完善，公众无法实现知情权和参与权。在紫金矿业重大环境污染案中，相关部门就是打着“国家秘密”的幌子来阻碍群众行使其参与权。
四、法律冲突下存在的问题
1、 环境影响评价公众参与的主体不明确。
《
环境影响评价法》第
五条规定，“国家鼓励有关单位、专家和公众以适当方式参与环境影响评价。”立法对环评的参与主体问题的规定仍不够明确和具体。“公众”的代表性不强，如实际操作中容易造成组织听证的单位只注重形式，不能保证受影响范围内的公众的参与权。
2、环境影响评价公众参与的方式存在操作中的问题。
《
环境影响评价法》第
11条规定，公众参与环评的方式主要包括举行论证会、听证会，或采取其他形式。虽然确定了具体的形式，但在实际操作中听证的程序存在瑕疵，公众在整个过程中没有起到监督作用。因此，对于公众的参与权没有得到实现的，应当追究相关单位的责任。
