企业可按实际情况选择在被告所在地或侵权行为地进行起诉，级别上一般由中级人民法院或者经批准的基层法院管辖。需提醒注意的是，侵权行为地包括行为地也包括行为结果地，行为地包括生产行为地也包括销售地或允诺销售地，结果地即为结果所在地但不能直接理解为原告所在地。
《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》第十六条：“人民法院对于侵犯商业秘密行为判决停止侵害的民事责任时，停止侵害的时间一般持续到该项商业秘密已为公众知悉时为止。 依据前款规定判决停止侵害的时间如果明显不合理的，可以在依法保护权利人该项商业秘密竞争优势的情况下，判决侵权人在一定期限或者范围内停止使用该项商业秘密。”
B、 管辖部门
在侵权人同时又是权利人职工的时候，有关商业秘密纠纷往往会遇到劳动仲裁部门以“涉及商业秘密侵权纠纷应该由法院管辖”不予受理，法院又以“涉及劳动纠纷”也不予受理的尴尬局面。对此，一般的做法是，单纯涉及商业秘密纠纷而不涉及其他劳动纠纷的案件应由法院直接受理，涉及商业秘密纠纷也同时涉及其他劳动纠纷的应由劳动仲裁部门受理。
（3）考查诉讼时效
A、知道或应该知道侵权行为之日起两年内，可主张所有侵权损失。
B、知道或应该知道侵权行为之日起已过两年，只能主张起诉之日前两年内的损失。
（4）确定诉讼请求
律师可视具体情况，提出以下诉讼请求：
A、停止侵害（适用于起诉时侵权行为仍在持续的案件）
B、赔礼道歉、消除影响（适用于侵权并致权利人信誉受损的案件）
C、赔偿损失（适用于侵权并造成损害的案件）
D、返还财产（适用于侵权人占有了权利人附有商业秘密信息的物质载体的案件，例如：技术图纸等）
（5）准备证据
最高人民法院《关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》（法释〔2007〕2号）规定，当事人指称他人侵犯其商业秘密的，应当对其拥有的商业秘密符合法定条件、对方当事人的信息与其商业秘密相同或者实质相同以及对方当事人采取不正当手段的事实负举证责任。其中，商业秘密符合法定条件的证据，包括商业秘密的载体、具体内容、商业价值和对该项商业秘密所采取的具体保密措施等。
