2009年12月的江苏省高院与江苏省劳动争议仲裁委员会联合出台了《关于审理劳动争议案件的指导意见》，对加班工资的认定标准与证据规则做出了重要调整。首先，该指导意见支持企业主张工资中包含固定的加班费，只要折算后的正常工作时间工资不低于当地最低工资标准，或者计件工资中的劳动定额不存在明显的不合理。[18]其次，该指导意见还允许企业未经审批就实施不定时工作制或者综合计算工时制，法院对此种情形下对劳动者的加班费有自由裁量的权力，可以“酌情计算劳动者加班工资”，并“对工作时间进行合理的折算”。[19]最后，该指导意见支持用人单位提供未经过劳动者签字确认的电子考勤记录作为证据，但是劳动者提供的电子考勤记录如果未经用人单位事先批准则不予支持。[20]该规则在权利义务的配置方面显然是不对等的，用人单位在举证责任方面获得优越于劳动者的地位。这些解释收紧了加班工资的认定标准，过分偏袒用人单位一方，明显地带有司法能动主义的色彩。
2009年4月出台的浙江《意见》主要是规定了加班工资的仲裁时效和举证责任两个问题。对于仲裁时效，该《意见》规定，劳动者与用人单位之间因加班工资发生争议的，其申请仲裁的时效期间为二年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算；但劳动关系终止的，其申请仲裁的时效期间为一年，从劳动关系终止之日起计算。[21]对于举证责任，该《意见》规定，劳动者主张加班工资的，应对加班事实负举证责任。劳动者证明加班事实的相关证据由用人单位持有的，人民法院应责令用人单位提供，用人单位不提供的，应由其承担不利的法律后果。[22]对于有无支付加班工资的事实，该《意见》规定应由用人单位对其已经支付加班工资的事实负举证责任。用人单位已支付的工资具有以下情形的，人民法院可认定其中不包含加班工资：①折算后的正常工作时间工资低于当地最低工资标准的；②计件工资有劳动定额且定额明显不合理的。[23]这显然是允许用人单位在合同中把部分工资约定为加班工资，只要符合最低工资标准，且定额不存在明显不合理，用人单位即可利用该规则规避支付加班工资的责任。
上海《意见》没有涉及加班工资裁判尺度，但是法院内部对于加班工资的计算基数、举证责任的分配等问题同样存在着争议。实践中，上海法院主要是通过举证责任分配来实现对工资争议实体权利保护期限的限制，即用人单位有义务对两年内的加班工资负举证责任；超过两年的加班工资争议，则由劳动者对加班事实负举证责任。
（三）降低规章制度的民主程序要求
早在2001年，最高人民法院就已经明确规定：“用人单位根据《
劳动法》第
四条之规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。”[24]从而确立了规章制度必须要遵守“合法性、民主程序、公示”三个要件的原则。《
劳动合同法》第
4条在最高院2001年司法解释的基础上，进一步完善了有关民主程序的规定。但是，在实践中企业大多数管理水平低下，民主管理意识不强，因此，很多企业规章制度并不符合上述三个要件。如果严格按照《
劳动合同法》和最高院司法解释操作，企业败诉的风险极高。在国际金融危机的背景下，一些省市法院对规章制度问题做出了重新的解释，降低了对民主程序的要求。
