（二）调解在知识产权纠纷中的劣势
没有一个纠纷解决机制可以适合解决所有的纠纷，调解也不例外。调解本身也有其一定的局限性，使得相比其他的解决方式显现出其不足，主要表现为以下几方面：
1.调解在知识产权纠纷范围上的局限性
调解在范围上的局限性，体现在不是所有的知识产权案件都适合调解处理，因为纠纷的性质和当事人意愿的差别，处理纠纷的方式也是多种多样的。1997年，国际商标协会曾经发布过一份调解评估指导，在这份指导中，设置了包括门槛、双方当事人的关系、公开性保密性、诉讼的影响、纠纷的性质、期待解决结果的性质和纠纷解决者等评判标准，作为判断一项商标纠纷是否适合采用调解的方式。无独有偶，英国知识产权办公室也出台过采用诉讼外方法解决知识产权纠纷的赞成性考虑因素和反对性考虑因素[12]综合以上标准，以下几类知识产权纠纷不适合调解：（1}该纠纷可以获得快速高效的判决；（2）需要形成先例指引和政策向导；（3）当事人需要临时禁令救济；（4）当事人希望公开解决；（5）将诉讼作为一种战略，排挤竞争对手；（6）当事人需要通过司法程序确认权利。[13]在上面这几类纠纷中，当事人关注的重点不是纠纷解决的成本和效率，而是诉讼程序提供的强制性措施以及判决权威性和既判力所带来的长远意义，而这恰恰是调解所不能提供的。
2.调解在知识产权纠纷程序上的局限性
调解程序在设置上比较灵活，这虽然可以实现当事人双方的意思自治，便于纠纷的高效解决，但也带来了一个弊端，那就是规范性不足。日本学者棚濑孝雄指出： “近代的审判制度可以视为显示规范性的一个典型。在那里，作为规制每一个具体判决内容的决定基准，存在着建立在经验和逻辑之上、并有着严谨精致结构的规范体系。”[14]相比较诉讼程序的正统性和规范性，调解强调的是灵活性，调解的整个过程都是建立在纠纷双方当事人合意的基础上，从调解的地点、调解的方式到调解内容的最终达成都是双方当事人协商一致的结果。这使得争议双方能够摆脱诉讼程序的羁绊，自由灵活地解决纠纷，但同时也意味着与诉讼相比，当事人失去了一些程序上的保障。
3.调解在知识产权纠纷效果上的局限性
调解在解决纠纷效果上的局限性主要表现在两个方面：（1）民间调解与行政调解在调解协议的效力和最终履行方面的问题。民间调解协议和行政调解协议的性质相当于双方当事人之间达成的契约，仅具有合同意义上的效力，而不是像诉讼判决一样具有既判力的效力。而效力上的不足直接影响到协议最终能否被真正履行。一项纠纷解决机制解决纠纷的能力在很大程度上取决于处理结果对当事人双方的约束力或强制力。[15]在这点上调解协议相比判决先天不足。而如果协议不能够被落实，当事人就又会重新采取诉讼的方式，从而导致纠纷的解决重复反复。（2）社会效果不佳。虽然调解协议解决了双方的争议，但就所争议的法律问题来看，多数时候是治标不治本。正如日本学者吉村德重曾指出的那样：“审判外的纠纷处理方式作为审判的替代程序，虽然深入了解纠纷发生的原因以谋求解决，但只不过是追溯到纠纷当事人身边的事情，当然不能深入到结构性对立状态本身来获致解决。在这个意义上，审判以外的纠纷处理也只是表面性解决。”[16]调解协议虽然实现了当事人双方之间握手言和，但对于这一类纠纷并没有起到一种先例的作用，在社会效果上欠佳。
