（二）基于案件事实和证明标准确定的困难而需要协调
客观真实与法律真实之间的辩证关系是诉讼过程中永恒的问题。理论上已经形成诸多研究成果。诉讼活动是在一定的时间和空间里进行的，案件事实不清在审判中是不可避免的。这就需要证明责任与证明标准来解决。然而，与民事诉讼不同的是，行政诉讼争议的事项不仅仅需要法院在原告与被告之间的利益关系做出评判，而是涉及复杂的价值选择与判断。行政诉讼大量涉及第三人的案件，以及几乎可以说所有案件都涉及社会公共利益与当事人个体利益之间的冲突和平衡，更是使得这种价值选择与判断在案件事实不清的情况下，很难直接做出回答。在确定了行政诉讼被告对具体行政行为合法性的证明责任之后，行政诉讼证明标准确定的困难性、复杂性也正在于此。当然，行政诉讼法规定在事实不清的情况下举证责任由被告承担，在被告没有承担举证责任时法院可以判决其败诉。然而，很多案件由于涉及复杂的利益关系，涉及第三方的权益，在案件事实不清的情况下，法院很难一判了之。即使法院依职权主动调查，也还是难以为判。
如道路交通事故处理结果是否作为行政案件由法院受理经历了多次反复，在很大程度上是由于案件事实与证明标准问题。道路交通事故发生后，对事故进行调解和处理一直是公安机关的职责。随着行政诉讼法颁布，对公安机关的处理结果能否提起行政诉讼，实践中存在争议，随着最高人民法院1991年6月11日印发的《关于贯彻执行＜中华人民共和国行政诉讼法＞若干问题的意见（试行）》而尘埃落地。但国务院于1991年9月22日发布《道路交通事故处理办法》，规定在交通事故发生后公安机关的职责是处理交通事故现场、认定交通事故责任、处罚交通事故责任者、对损害赔偿进行调解，即不再对交通事故作出“处理”。由此就产生了对公安机关的责任认定能否提起行政诉讼问题。2000年3月10日，《最高人民法院关于执行＜中华人民共和国行政诉讼法＞若干问题的解释》实施后，各地做法差异很大。直到2004年5月1日生效的《道路交通安全法》明确了对责任认定不得提起行政诉讼。
而法院的态度，也是从积极受理此类案件到认可行政机关“逃避”司法审查的。其原因就在于这类案件法院受理以后简单地做出裁判容易，解决争议很难。行政诉讼法规定，被告在诉讼中要对自己做出的行政行为承担举证责任；被告在诉讼过程中不得取证，法院也不得以被告在行政行为做出以后收集的证据作为证明被诉行为合法的依据。按照行政诉讼法原理，如果被诉的具体行政行为缺乏证据，法院应当判决撤销，被诉行政行为撤销后，被告可以根据新收集的证据重新作出行政行为。但是，交通事故确实存在并需要公安机关处理，一些事故中的受害者尚等待处理结果以获得赔偿，公安机关需要重新做出行政处理或责任认定。由于交通事故中事故现场无法保存，如果当初公安机关取证不充分，很可能根本无法再重新做出行政行为。这就需要法院在案件之外做很多协调处理的工作。
