首先，调解的基础是否是事实清楚？案件之所以需要调解往往就是因为事实不清楚。如果当事人（至少是一方当事人）认为事实清楚，案件结果预期明确，或者认为法官能够做出判断，往往不存在调解的情况。双方对事实的认识不一致，对案件的处理结果预期不明，法官也可能很难从现有的证据材料中发现客观真实做出判断，在这样的情况下才可能需要调解。这里所说的是“法官也可能很难从现有的证据材料中发现客观真实做出判断”，是从当事人角度所做的分析，当事人双方，或者至少有一方，认为案件结果难以预测，不知结果是否对自己有利。也就是说，第一，双方对案件事实认识不一致；第二，双方对“法官也难以下判”，倒是有着基本一致的判断。从法院来说，案件一旦受理，不管案件证据情况如何、当事人是否完成了自己的举证责任，法院总是要做出最后的判断的。这个时候证明标准就很重要了，作为主审法官，需要结合案件的情况和证明标准做出自己的判断，得出心证结论。因此，从法律上说，为使案件公正、顺利解决，调解在程序上应当以当事人充分举证、案件进行了必要的证据交换为前提③。所以，在事实问题上，调解的前提并非事实清楚，而是需要经过证据交换，当事人了解对方所掌握的证据。
当然，民事案件的性质决定了当事人可以自由处分自己的实体权利，因而在民事诉讼的任何阶段都可以进行调解，正如当事人在任何时候都可以进行和解一样。但这里隐含的一个意思是基于当事人具有完全的处分权，民事诉讼并不必讲求案件的公正解决。但是，一个案件之所以进入诉讼，就是因为当事人之间存在纷争，存在难以和解的情况。当事人到法院来是为了获得裁判。一旦案件进入诉讼程序，尽管随时可以和解，但如果法院要进行调解，则应当遵循起码的公正程序。
其次，调解协议的内容是否不得违反法律规定？事实是否清楚与调解协议内容是否违法密不可分。但仅就调解协议内容来说，就某个特定的案件而言，其调解协议内容完全依法是不可能，也是不必要的。只能说调解不得违反法律的禁止性规定，不得侵犯国家和社会公共利益。至于不损害某一方的权益可就说不准了，因为由于事实不清，权益和损害本身都是难以明确的。顾培东认为，调解所追求的主要是冲突权益的处置及补偿结果。英国法社会学家科特威尔对调解的特征作过描述：“第一，在调解中，双方通常选择一个彼此都能接受的第三方；第二，第三方并不试图运用现有的法律规范来解决双方的冲突，而是对冲突双方提出的观点和要求策划一种妥协与和解的办法；第三，调解人力求提出明智的冲突双方都能接受的解决冲突的建议，避免使双方中任何一方认为这一建议是完全错误的，并使双方都对结果感到满意。由此可见，在解决冲突的若干不同效果中，调解所追求的仅是冲突和对抗的消弭。为了实现这一效果，在西方国家，甚至常常以损害法律原则为代价。”[1]所以，调解不能要求不违背法律或者法律的基本原则。法律都是根据基本原则制定的，理论上说，不应当有违背基本原则的法律。以继承案件为例，男女平等是我国法律的基本原则，这个原则也贯彻在继承法之中。但是，在继承案件中运用调解方式处理案件时，男女平等的原则很可能是会放在一边的，特别是在农村。调解的实质是寻求冲突解决方案。对案件进行调解，就不在乎追究对错是非，不在于追究责任，而在于解决纠纷。从这个角度说调解是“和稀泥”，在某种程度上是正确的。2004年11月1日起实施的最高人民法院《关于人民法院民事调解工作若干问题的规定》，没有对案件事实是否清楚和协议内容是否合法等做出进一步规定，而只是规定在哪些情况下的调解是不被允许的。其第12条：“调解协议具有下列情形之一的，人民法院不予确认：（1）侵害国家利益、社会公共利益的；（2）侵害案外人利益的；（3）违背当事人真实意思的；（4）违反法律、行政法规禁止性规定的。”
