然而，该理论被曲解了，变成行政诉讼被告只能是行政主体，“认为作为行政诉讼被告就是承担行为后果的具体表现”。[16]所以其付诸实施之后引发诸多问题，比如，对于行政机关的内设机构、派出机构越权，受委托组织越权，似乎就不应视为行政主体行为，那么由谁来当被告呢？内设机构、派出机构、受委托组织又不是行政主体，焉能做被告？其实，类似的情形在私法中也同样存在，却没有引起诉讼上的困惑。为何在公法上却发生疑问了呢？
这实在是一个误会。类似的误解在民法中也曾存在--“诉讼主体即为民事主体，谁为原告、被告，谁就是权利义务的最终承受者”。民法学者澄清道：“实际上，诉讼主体与具体民事活动的主体一样，它只表明谁是具体诉讼活动的当事人或谁是民事权利义务的直接承受者，至于该当事人无力履行义务时应替代履行的其他人，并不一定作为该诉讼的当事人。”[17]比如，在民事诉讼上就允许本身不是法人，却依法设立并领取营业执照的法人分支机构担当被告，因为“依法设立并领取营业执照”意味着该分支机关具有独立的账户，有可独立支配的资金，能够担当民事责任。
相形之下，行政法上的处理过于单一、呆板、拟制，以致牵强。这反映了我们对民事主体与法人制度的摹写不彻底，也完全可以摹仿解决。其实，行政主体可以作为行政诉讼被告，不意味着行政诉讼只能由其充当被告。行政机关的派出机构、受委托组织越权，当然由后者充当被告。因为越权是其所致，也属于一种公权力活动方式，只不过是违法的，也应受到公法的制约，且它们也有能力自行纠正，落实法院的判决，根本无需借助其委托机关或者设立机关之力。在越权造成的损害赔偿上，其承担赔偿责任的费用要么是自己解决（如受委托的组织），要么是依据财政管理规定申领（如派出机构）。
3、不合逻辑的责任分离？
当前对“诉讼主体模式”的一个重要批判，是责任归属的分裂，典型地体现在：第一，在国家赔偿之上。行政主体作为赔偿义务机关，实际上赔偿费用却由国家出，如何能够担当得起“独立”承担责任之名？这种责任归属的形式与实质分离，造成了行为--责任之间的逻辑矛盾，为学者诟病之所在。第二，如果行政主体行为引起的各类法律责任只能由行政主体承担，那么，怎么解释公务员职务上的违法犯罪问题呢？[18]这些指责看似严厉，但若做类比思考，会发觉极荒谬。
（1）试想，在民法上，法人之所以能够以独立的名义承担民事责任，其物质基础就是拥有相对独立的财产。而民法对行政机关的关注，其实重点不在其民事权利能力，因为它实在有限，且自有法律来约束，而在考究其是否有独立的预算与财产。作为机关法人，行政机关从事民事活动的经费同样来自、也只能来自财政，是“由预算拨款形成的独立经费，这样经费就是国家机关赖以进行民事活动的财产条件”，[19]并受财政法调整。对此，我们也可以理解为，行政机关只是名义上承担民事责任，实质上是由国家（国库）买单。而民法学者却无类似的责难，甚至干脆承认“即使在我国法律所承认的各类法人中，有的法人也是没有自己独立财产的，也是无法由其独立承担责任的。” [20]为何这在行政法上就成问题了呢？
所以，在国家赔偿上，责任归属实际上是虚化的、形式意义上的。即便行政机关承担的国家赔偿责任是名义上的，也实难仅此否认其为行政主体。至少从形式上讲，赔偿义务机关能够以自己的名义向财政申领赔偿经费，并实际支付给受害人。
（2）严格意义上讲，法人独立责任是法人具有独立人格的逻辑结果，但它并不当然决定着法人创办者和法人成员的责任状态，法人独立责任并不否认法人成员与法人共同对法人债务承担责任。[21]对于法人机关成员滥用法人人格，利用法人形式或手段规避法律、回避债务或违法犯罪的，民法上有“法人人格否定法理”与“揭开法人面纱”原则，国家公权力可以基于特定事由，否定法人的独立人格，直接规定滥用法人人格者的个人责任，将个人行为与法人行为暂时剥离开来。这一理论由美国法院在审理公司纠纷案件中首创，后被英、德、日在司法实践中接受并加以运用，法国、意大利等国甚至将该理论立法化。至于法人机关成员承担的个人责任类型，民法学者多探讨民事责任。
