该理论也有缺陷，因为人合公司不具有法人资格，它的组织构建主要是通过合同进行的。其次，声称股东构成了一个共同体并不完全合理，因为他们的利益经常不一致。股东和职工并没有组成一个共同体，因为只有股东能够任免那些职工必须服从的人，在分配公司赚取的利益时，他们之间的利益是相互冲突的，且股东被赋予了主导的权力。此外，从法律技术上看该理论也存有缺陷，比如组织的存续 不能强加给股东，因为他们可以通过多数决来决定解散公司。高管可能仅仅实现了公司目的规定的小部分计划，当他们脱离了计划时，没有必然的惩罚。他们的功能与公共职能相差很远。[10]
（二）最近的理论
1、合同理论的复兴
在合同理论和组织理论的争论过程中，组织理论占据了上风。[11]但是随着市场化进程的推进、美国公司理论的影响，合同理论有复兴的趋势。代理理论就是例子。该理论来源于美国。在20世纪30年代美国的Berle 和Means在调查美国大上市公司后，指出在美国的大的上市公司中存在两权分离、公司实际上为管理层控制的现象，为确保股东利益需要政府的介入。但是，反规制派学者以经济分析为武器，认为在市场有效的情况下，股东的利益会得到保证。其中，将股东和高管之间的关系界定为合同关系，即高管是股东的代理者，作为分析的基础。该理论的出现为了反规制和经济自由化提供理论武器。[12]该理论也得到了法国立法界一定的认同。最后诞生的商业公司是简化股份公司和欧盟公司就是例证。简化股份公司在选择内部组织模式上享有自由，特别是有关管理、控制和集体决策方面。另外，在封闭的欧盟公司中犹如在简化的股份公司中，章程能够对股份的自由转让予以重要的限制。
但是，该理论也受到了批判：第一，将股东的共同利益界定为公司利益是不妥当的。因为，按照该理论，公司高管是股东的代理人。高管对股东负责。股东的利益是最高利益。其实就把其他利益抛开了。而将股东的利益视为公司利益，很难对公司的各种现象作出合理解释。例如，一些股东并没有同舟共济的想法，只是希望尽快的脱离公司在获取最大的财富的条件下。例如，在公司因冲突解散的情况下，何来共同利益？如何能以共同利益作为依据要求某一股东离开？等。其次，在公司法中仍然存有大量强制性的规定，这不是代理理论能说清楚的[13]。
