既然我国已有的刑事起诉标准存在以上弊端，我们认为当务之急是重建新的刑事起诉标准。从近几年来这方面的论著看，主张采用排除合理怀疑的观点已逐渐成为主流认识。虽然这一观点仍将起诉标准和审判标准视为同一个标准，而没有科学地作进一步区分，但我们认为，这一标准无论是对检控机关还是审判机关，其可操作性和普适性都要比“事实清楚、证据确实充分”更强。首先，从国际上看，目前在刑事司法领域，不论大陆法系国家还是普通法系国家，对于刑事证明标准已普遍采取高于民事诉讼的要求，且在不同国家之间只存在表述上的差别而没有实质性的不同，即对于定罪事实均采用排除合理怀疑标准。在美国，排除合理怀疑的刑事证明标准已被明白地确认为美国宪法第5条和第14条修正案关于正当程序的要求，这一标准在其他英美法系国家也得到一致采用。所谓“排除合理的怀疑”，从字面上讲是指检控方对被告人有罪的证明并不需要达到排除“一切怀疑”的程序，它所要做的只是排除“合理的怀疑”。美国联邦司法中心建议法官们在给刑事陪审团的指示中作出如下指示：“排除合理疑问的证明是指？坚定地确信被告人犯了被指控的罪”；“但如果你们认为存在无罪的现实可能性，你们则必须就这种疑问作出有利于被告人的结论，宣告他无罪”。③ 可见，排除合理怀疑的证明标准实际上是要求对指控事实达到“尽管没有排除所有的疑问，但已经不存在具有现实可能性的疑问”的证明程度。大陆法系国家定罪的证明标准是“内心确信”，是指法官在作出被告人有罪的判决时，对待定的事实必须无疑义地认为其为真实。这种确信必须是理性的、真诚的确信。根据法国现行刑事诉讼法的规定“法律并不考虑他们通过何种途径达成内心确信；法律并不要求他们必须追求充分和足够的证据；法律只要求他们心平气和、精神集中，凭自己的诚实和良心，依靠自己的理智，根据有罪证据和辩护理由，形成印象，做出判断。法律只向他们提出一个问题：你是否已形成确信？ 这是他们的全部职责所在。”④大陆法系国家“内心确信”的提法与英美法系国家虽然用语不同，但表达的内涵是相同的，即均未要求刑事诉讼证明标准达到绝对确定的程度，均强调事实审理者基于一定的证据，对案件是否存疑有一个主观的、合理的判断标准。既不要求达到排除一切怀疑、不存在其他任何可能的程度，也不允许在存在着合理怀疑的情况下定罪。“排除合理怀疑”的证明标准具有可操作性，符合国际司法潮流。
根据“排除合理怀疑”的证明标准所认定的案件事实是一种法律事实，是所有参与诉讼证明活动的人共同作用并通过正当的法律程序而形成的结果，具有正当性、合法性及合理的可接受性。“排除合理怀疑”的证明标准也有利于提高诉讼效率。根据这种证明标准，司法人员应当把时间、财力和人力集中放在查明、排除案件事实中存在合理怀疑的部分，而没有必要对一切怀疑或可能性予以排查到底，从而避免司法机关为查清某些不合理的怀疑而投入无限的时间和资源，既节约了司法资源，也加快了办案的速度，提高了审判效率。⑤ 其次，从国内看，随着我国法治的进步，司法改革已纳入国家总体改革的目标之内。在三大诉讼领域，刑事诉讼领域的改革总体上显得还比较滞后。我们可以毫不夸张地说，刑事起诉标准的重建事关刑事诉讼改革的成败。应该相信，随着排除合理怀疑的起诉标准的建立，广大司法人员的执法理念将会有较大转变，与此相关的刑事诉讼证据规则将随之建立起来，只有在那个时候，才可能真正贯彻疑罪从无的诉讼原则，以保障犯罪嫌疑人、被告人的人权，正确打击和预防犯罪。
那么，是否可以说，如果我们在刑事诉讼中采用排除合理怀疑的起诉标准，就可以一劳永逸地解决司法实践中的分歧和争论呢？答案是否定的。什么是合理怀疑？这又是一个在理论界和司法界都一直争论不休的问题。在司法实践中，一些案件检察机关认为可以定罪而法院则认为存疑，就是因为对案件中的怀疑是否合理产生分歧所致。因此可以说，要准确把握疑罪，必须正确理解和界定“合理怀疑”。对此，确实很难设置一个客观量化的标准，但也不能说合理怀疑是无法确定和把握的。加拿大联邦最高法院所作的经典解释为：“顾名思义，一项合理的怀疑准确地说就是一项建立在理性基础上的怀疑，亦即建立在逻辑推理过程之上的怀疑。它不是一种想象出来的怀疑，也不是基于同情或者偏见而产生的怀疑？”⑥我们认为，正确理解和界定合理怀疑应注意以下两点：
