（一）证据能否采信存疑
由于公、检、法三机关在我国刑事诉讼体制中的具体分工和作用不同，人们将其称之为流水线式的作业。对检察机关来说，根据证据的“三性”（即客观性、关联性、合法性）来审查判断、运用证据从来都是这一流水线式作业中的重中之重。对据以定罪的证据采信与否，事关对犯罪嫌疑人、被告人的正确定罪量刑。我国刑事诉讼法第42条规定：“证明案件真实情况的一切事实，都是证据。？证据必须经过查证属实，才能作为定案的根据。”这条规定主要涉及到证据资格问题。证据必须符合客观性、关联性、合法性才能作为定案的依据，三者缺一不可，反之则不具备可采信性。
1. 据以定罪的证据存在疑问和瑕疵，无法采信和查证属实，从而导致证据量上的不充分，案件存疑。司法实践中存在的通过刑讯逼供等手段取得的非法言词证据，因不符合证据的合法性要求，故根据我国的“非法证据排除规则”是不能作为证据使用的。如在唐某某、高某某、林某等人故意伤害案中，在押的六名犯罪嫌疑人均有证据证实在案发现场，但证实唐某某、高某某、林某参与该案的证据存在瑕疵。检察院在复核证据时发现，同案犯麦某某对犯罪嫌疑人唐某某、高某某、林某仅是对人进行了辨认，并没有讲到案发时看到他们参与打人的情节，侦查机关制作的讯问笔录既没有出示给麦某某阅读核对，也没有向其宣读，其对笔录内容所知不详；证人韦某光、韦某芳对唐某某的辨认用的是相片，而辨认笔录反映的是对嫌疑人本人进行辨认，辨认的地点也不是辨认笔录中记载的地点。本案涉案嫌疑人众多，案发现场混乱，同案犯和目击证人对涉案嫌疑人的辨认笔录对认定犯罪事实至关重要。但由于侦查机关在收集以上证据时严重违反了我国刑事诉讼法的有关程序规定，所补充的材料亦不能作为证据使用，故检察院最后对其三人作了存疑不起诉的处理。
2. 据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除，无法采信，从而导致证据量上的不充分，案件存疑。证据之间的矛盾是否能得到合理排除，其实质是证据的关联性问题。在一个刑事案件中，侦查机关往往会收集到很多证据，但如果据以定罪的证据出现不一致、相互矛盾的情况，即有罪证据和无罪证据之间的矛盾无法排除，无法采信其中的任何一个，所有的证据便不能形成一个完整的证据链条，确实充分地证明待证事实，故只能作有利于犯罪嫌疑人的处理决定，存疑不起诉。陈某斌走私普通货物案即是较为典型的一例。在本案中，走私香烟一事是客观存在的，涉案人数虽较多，但只有犯罪嫌疑人陈某斌在案。起诉意见书认定走私香烟的事实主要是根据陈某斌的供述来定案的，但陈的口供极不稳定，甚至是相互矛盾的。陈在审查起诉阶段第一次被提审时及在侦查阶段尚承认其参与作案，但在第二次被提审时及在自书材料中则已翻供，辩称是在陈某杰、韩某等人胁迫和利诱的双重压力下才违心地承认自己参与作案，事实上是陈某杰、韩某等人走私香烟，由他来顶罪的；陈供述走私香烟是350箱，与现场勘查情况不符（现场扣押到的香烟是319箱）。关于被扣押的五辆车的来源问题，陈供述他是向陈某武借的车，但因没有找到陈某武无法印证。由于本案其他涉案人员全部在逃，在法定审查起诉期限内仍未抓获，故无法查明陈的上述供述的真伪，走私香烟的数量亦无法确定，陈的供述很难采信。另外，证人关于车辆来源问题的证言也是相互矛盾的。如证人何某某的证言。何共有四份证言。第一份证言称他将妻子名下的二辆车出售给了一个名叫陈某军的陌生人。第二份证言称陈某杰打他电话，叫他借其妻子叶某某的身份证用来购买车好在湛江入户。后来，陈某杰告诉他已用叶某某的身份证办了二辆车的车牌（扣押的五部作案车辆中的两辆）。他在第一份证言中称将车卖给陈某军是按陈某杰、“阿广”教的话去讲的。第三份证言则称是陈某斌打电话给他，让他借其妻子叶某某的身份证。在第四份证言中，何某某又称先是陈某斌打电话给他，后陈某杰又再打。分析何某某的四份证言，前后相互矛盾，难以判断真伪，无法采信其一，当然也难以据之判断陈某斌的供述。综观全案，陈某斌的有罪供述及证人何某某的证言是认定陈某斌涉嫌走私的主要证据，但现有证据出现了两种可能，即陈某斌究竟是本案的纠集者和重要参与者还是受人胁迫来顶罪的真伪难辨，矛盾不能合理排除，不能采信作为定案依据。认定陈某斌涉嫌走私的证据没有形成完整的证据锁链，故只能按疑罪处理。
（二）证据证明的结论存疑
