行政主体除了行政机关以外，还包括法律、法规授权的组织。农业行政管理部门担任农村环境保护行政主体并不意味着它应当大包大揽，而主要应当对采取充分、高效和正确的方式管理、协调、组织和实施农村环境保护农业补贴制度承担责任。而资金划拨、认证评估等职能应当依法移交法律、法规授权的组织，以提高管理效率。
2.行政相对人
农村环境保护农业补贴主体中的行政相对人，应当限定为直接从事农业生产的农民和农民专业合作组织。在我国，农民概念内涵复杂，既有职业意义上的，也有身份、地域意义上的含义，存在大量不直接从事农业生产的农民，应当排除在行政相对人以外。与农业相关的上游、下游产业主体，也不宜成为行政相对人。农民专业合作组织作为行政相对人具有法律依据，也有助于提高农业补贴管理运行的效率，但是实际运作当中应当注意不能违反其作为“自愿联合、民主管理的互助性经济组织”的性质。例如，直接从事农业生产的农民没有加入专业合作社、或者合作社成员单独加入某环境保护项目，不能成为其无权获得相关农业补贴的理由。
（四）农村环境保护农业补贴资金
1.提升资金总量
首先，我国农业补贴资金来源的财政支持力度亟需进一步地加大。我国农业补贴支出占农业生产总值的比例根据WTO的要求允许达到8.5%,但我国实际上仅为1.23%[13]，财政支出严重偏少。其次，我国农业补贴制度尚缺乏引导社会团体、组织和企业等参与农业补贴的机制[14]。在当前金融危机的背景下，将农业补贴作为积极财政政策的重要构成部分，能够取得良好的经济效果和社会效果。同时，拓展农业补贴资金来源渠道，例如“可以将财政补贴和银行信贷支持结合起来，积极发挥中国农业发展银行、农村信用合作组织等政策性金融机构的作用，为广大农户提供信贷支持。”[15]
2.完善资金构成
农业补贴政策从“黄箱政策”向“绿箱政策”转移已经成为历史趋势，究其原因，一是对农产品价格和贸易的扭曲作用较小，二是能够满足WTO规则的要求，三是能够满足实现国内环农村境保护政策的需要，四是能够提高农产品竞争力。就我国当前发展阶段来看，“黄箱政策”和“绿箱政策”尚有充分的提升空间，都不可或缺。就长期趋势来看，“绿箱政策”更具有可持续发展的潜力，农业生态环境补偿制度作为“绿箱政策”的实现形式值得重视。
3.转变支付方式
通过长期的实践证明，农产品价格支持、流通领域支持措施的补贴效率一直较低，直接补贴效率明显较高。只有直接从事农业生产的农民，才能对农业生产环境产生直接的影响。尽管我国已经开始粮食主产区农业直接支付补贴的试点，但是步骤应当明显加快，将总体上以农业上游、下游产业为直接受益者的暗补方式改变为以直接从事农业生产的农民为直接受益者的明补方式。
结语
以农业补贴为结合点，将农业生产与环境保护结合起来，既促进农民收入增加又促进农业发展，对当前突出的农村环境问题能够起到直接的作用。当然，其局限性也是不可避免的，比如对农村地区工业污染等转移性污染的控制难有作为。尽管如此，不能因此否定农村环境保护农业补贴制度的整体价值和功能。“农村环境保护工作是一项涉及面很广的系统工程，要统筹规划，分步实施。”（注释13:国务院办公厅转发《关于加强农村环境保护工作意见》，国办发[2007]63号。）农业补贴，应当是这项系统工程重要的有机组成部分。
