（二）全面和分层的制度目标
农村环境保护农业补贴制度目标分类体系，已经明显地体现在欧美农业补贴制度当中，即一方面在于全面防止现有农村环境继续恶化，另一方面在于针对性地改善现有农村环境水平。如果我们将农村环境作为一种社会公共财富或者向社会提供的公共产品，那么这一财富或者产品可以分为存量部分和增量部分，为了保护环境存量不减少，同时积极扩大环境增量，应当树立全面和分层的农村环境保护农业补贴制度目标。
1.全面的农村环境保护农业补贴制度目标，是指将农业补贴的申请和获得与环境保护义务的履行全面挂钩，以达到保护现有的农业生产资源免于掠夺性、破坏性开发的目的。从事农业生产的任何个人、组织申请农业补贴，除满足法律法规规定的其他条件以外，还必须履行基本农村环境保护义务，否则无权申请、获得农业补贴，并视情节严重程度接受相应的处罚。已获得农业补贴的，须全额退还。当然，基本的农村环境保护义务应当是以采取合理的农业生产方式为主，防止如烧火开荒、围湖造田等掠夺性、破坏性农业生产方式造成生态退化后果，结合我国实际情况辅之以合理的农村生活方式的法律义务，以保护农村环境存量为目的，不宜脱离现实订立过高标准，可随着农民环保意识的提高逐步提升。
2.分层的农村环境保护制度目标，是指在保护环境存量的前提下，鼓励农民自愿参与各种类型的环境农业补贴或者资助项目，以达到改善农村环境的目的。在这一层面，国家建立农业生态环境补偿制度，设立、公布专项农业补贴项目或者农村环境保护项目，采取农民自愿参加或者和农民订立长期行政合同的方式，对达到项目要求或者履行合同义务的农民进行资助或者给予补贴，鼓励农民积极扩大环境增量。由于环境的公共性质，为获得环境增量而支付的成本应由全体社会成员负担，如果仅由部分社会成员如农民负担则有失公允，因此不能和保障农村环境存量一样采取强制性的措施，而是应当采取引导性、鼓励性、补偿性方式来扩大农村环境增量。
（三）理顺补贴主体制度
“从法理上分析，国家财政对农业的各类补贴，是国家公权力对市民社会私法体系的影响……”[12]，我国农村环境保护农业补贴属于行政法律关系的范畴，包括主体、客体和内容等要素。行政法律关系主体主要包括行政主体和行政相对人。适格的主体是农业补贴发挥农村环境保护功能的关键条件之一。
1.行政主体
行政主体在行政管理法律关系占有主导地位，在各种行政法律关系中均可构成一方主体，主要表现为行政机关。农村环境保护农业补贴制度的行政管理机关，应当是农业行政管理机关。首先，农业补贴是农业行政管理法律关系的一种，农业行政管理部门占有主导地位。其次，在包括农业补贴在内的各种农业行政法律关系当中，农业行政管理部门往往是一方主体。第三，农业补贴发挥农村环境保护功能，是农业多功能性的表现，离不开农业生产活动，农业行政管理部门是农业生产活动的主管机关。第四，从各国的经验来看，农业行政管理部门担任农村环境保护行政主体亦是常态。
