知识产权海关保护制度体现的私益性平衡，即知识产权权利人的利益和进出口货物收发货人的利益的平衡问题。权利人从保护自身的知识产权利益的目的出发，要求海关扣留货主的进出口货物，海关中止放行侵权嫌疑货物，将对进出口货物的收发货人的利益产生影响。知识产权海关保护制度，一方面要维护知识产权人的利益，履行知识产权边境执法的职责；同时在其制度设计上，要避免权利人利用知识产权海关保护制度，对合法进出口货物的收发货人的利益造成损害。对于这一利益平衡的要求，在知识产权海关保护制度中，规定了权利人和收发货人的平等的担保权，（注释2:在初期的知识产权海关保护制度中，权利人在申请海关扣留货物时，要求其提供等值担保，收发货人对于扣留的侵权嫌疑货物，可以提供双倍担保要求海关在未确定是否侵权的情况下，放行扣留的货物。新的《知识产权海关条例》对其进行了调整，规定权利人提供担保的金额为等值以下，收发货人仅在海关扣留货物为侵犯专利权货物的情况下，可以以等值担保要求海关放行货物。）即知识产权权利人在担保条件下，可以申请海关扣留侵权嫌疑货物；专利权产品的收发货人在向海关提供担保条件下，可以要求海关放行还没有认定为侵权的进出口货物。以及对权利人和收发货人提供证据的要求，即知识产权权利人在申请扣留侵权嫌疑货物时，要求其向海关提交申请书及相关证明文件，并提供足以证明侵权事实明显存在的证据；进出口货物的收发货人认为其货物未侵犯知识产权权利人的知识产权的，应当向海关提出书面说明并附送相关证据。
知识产权海关保护制度体现的公益性平衡，即是指贸易秩序与贸易效率这一贸易管理中的根本性的矛盾的平衡问题。海关执行知识产权海关保护的职能，对侵权嫌疑货物进行查处，即是对知识产权权利人私人权益的保护，更重要的是防止侵权假冒货物的进出口，维护对外贸易秩序，这是海关的知识产权执法需要维护的公益的一个方面；此外，海关作为进出境监督管理机关，其对进出境的秩序进行监督管理的同时，应当避免因此带来的贸易效率的降低，是海关管理进出境活动，需要考量的公益的另一个方面。因此TRIPS协议有关知识产权边境执法程序方面明确规定了海关中止放行侵权嫌疑货物的时间期限。（注释3:Article 55 on TRIPS:If,within a period not exceeding 10 working days after the applicant has been served notice of the suspension,thecustoms authorities have not been informed that proceedings leading to a decision on the merits of the case have been initiated by a party other thanthe defendant,or that the duly empowered authority has taken provisional measures prolonging the suspension of the release of the goods,the goodsshall be released,provided that all other conditions for importation or exportation have been complied with;in appropriate cases,this time-limitmay be extended by another 10 working days.）我国的知识产权海关保护制度，严格遵循TRIPS协议规定的扣留货物时间的要求，（注释4:知识产权海关保护条例》24条规定，在海关依申请扣留侵权嫌疑货物的情况下，自扣留之日起20个工作日内未收到人民法院协助执行通知的，海关应当放行被扣留的侵权嫌疑货物；在海关依职权扣留货物的情况下，自扣留之日起50个工作日内未收到人民法院协助执行通知，并且经调查不能认定被扣留的侵权嫌疑货物侵犯知识产权的，海关应当放行被扣留的侵权嫌疑货物。）从而避免对贸易效率产生过多的损害。
