第三，在知识产权海关保护执法程序中，海关调查权的有限性。知识产权海关保护制度有依申请和依职权两套程序，依职权是在海关备案的知识产权情况下，可以由海关对于监管中发现的有侵权嫌疑货物主动实施中止放行。而对于未备案的知识产权，海关不得实施主动性执法，体现了海关作为公权力的执行机关，对知识产权这类私权保护的有限性。且在具体实施扣货程序中，海关仅针对备案的知识产权，在相关侵权货物扣留后，直接进入行政调查程序，认定侵权并对其直接实施行政处理。对于海关依申请实施的扣货，海关没有主动对侵权货物进行调查的权力，仅执行中止放行的行政措施。接下来进一步的对知识产权侵权与否的事实认定和对侵权责任的追究和权利人的救济，要由司法机关具体实施。
第四，允许扣货期间权利人与货主和解。鉴于知识产权的性质属于私权，在海关总署2009年新颁布的《海关知识产权海关保护条例实施办法》中，规定海关对侵权案件的查处，应尽可能考虑知识产权权利人的意愿，鼓励当事人通过协商解决侵权纠纷，权利人与收发货人就海关扣留的侵权嫌疑货物达成协议后海关可以终止调查。
此外，其私权性还体现在对扣留的认定为侵权货物的处理上。海关中止放行的扣留货物，经行政调查确认为侵权的，规定侵权货物由海关没收。其处理方式首先是用于社会公益事业或允许权利人收购。其次是消除侵权特征依法拍卖。在拍卖侵权货物的情况下，要求事先征求有关知识产权权利人的意见。显然上述处理方式，不同于海关查缉走私违法行为等传统执法行为对违法货物的处理。对于走私违法行为人偷逃国家税款、逃避国家禁、限制措施的违法行为，由于其损害了国家的对外贸易秩序，对其查处是由海关机关依法主动做出的，且对于违法、违禁的货物，全部由海关没收，依法处理。
（二）知识产权海关保护制度的利益平衡内涵
知识产权海关保护制度作为知识产权法律保护制度的组成部分，涉及到法律对调整的社会关系的平衡性要求。与TRIPS协议序言及知识产权执法有关总义务的相关规定相比，知识产权海关保护制度有着更加多维度的利益平衡内容。除了公益与公益的平衡外，还包括有私益与公益的平衡；私益与私益的平衡；公益与公益的平衡等。
知识产权海关保护制度中体现的私益与公益的平衡，强调的是在进出境环节对权利人的保护不能妨碍公共利益。因此，在海关的知识产权保护制度中，规定了权利人申请海关扣留嫌疑货物，必须提供相应担保。担保金的作用在于，对由于权利人的申请带来的货物收发货人的损失承担赔偿责任。从而避免权利人滥用权利，以维护正当合法的贸易秩序。
