其次，TRIPS协议作为知识产权的一项国际保护的法律制度，涉及知识产权保护多方面的利益平衡。协议在其序言中明确宣示知识产权私权属性的基础上，要求各成员承认“保护知识产权的诸国内制度中被强调的保护公共利益的目的，包括发展目的与技术目的”、“最不发达国家成员在其域内的法律及条例的实施上享有最高灵活性的特殊需要，以使之能建立起健全、可行的技术基础”的权利。国际间贸易领域的知识产权保护的基础是各国在知识产权保护方面，缔约各成员间的利益平衡。因而对于这样一个能为国际上大多数国家接受的协议，其序言中强调的利益平衡要求，突出的是不同成员间的利益平衡。在与贸易有关的知识产权保护上，表现为体现发达国家要求对知识产权权利人对知识产权私权进行的充分有效的保护，从而维护发达国家成员的利益，与发展中成员发展和技术进步，特别要求各成员对最不发达国家，给予其知识产权保护上的最高灵活性的权利。上述两方面利益的平衡，是协议得以签订的基础。协议要求各成员承诺的内容，表面上看是私权利与公益间的平衡，但其实质上反映的是不同成员间利益平衡的要求，是成员间公益与公益的平衡。TRIPS协议除了序言中规定的反应知识产权保护的利益平衡要求外，在知识产权执法总义务的规定中，要求各成员执法程序的设置，要保证“能够采取有效措施制止任何侵犯本协议所包括的知识产权的行为，包括及时防止侵权的救济，以及阻止进一步侵权的救济”、“执法程序应公平合理。不得过于复杂或花费过高、或包含不合理的实效或无休止的拖延”，以及要求“这些程序的应用方式应避免造成对合法贸易的障碍，同时应能够防止有关程序的滥用提供保障”。上述规定，要求各国在对知识产权实施保护时，对作为私权的知识产权提供充分有效的保护，包括对即发侵权的救济和对侵权已经发生，防止其进一步蔓延的救济；在保护的同时防止对贸易效率带来障碍和权利人的滥用权利加以限制。表现了TRIPS协议作为与贸易有关的知识产权保护的国际协议，对知识产权保护法律关系调整中利益平衡调整的另一视角，即强调保护知识产权执法程序的设置，既要对贸易秩序加以维护，同时要防止其对贸易效率产生过度的影响，避免对合法贸易带来阻碍。TRIPS协议在执法过程中强调的这一利益平衡关系，从权益的属性上看，是另一角度的公益间平衡性保护的要求。知识产权边境措施，即知识产权海关保护制度，是TRIPS协议规定的实施知识产权执法措施之一，TRIPS协议在其具体执法程序的设置上，具体体现了上述与贸易有关的知识产权保护制度对利益平衡的要求。
