其次，反垄断法双边合作协定本身是政府间协定，不可能改变立法机关制定的法律本身包含的价值理念以及法律运营方式上的不同。各国反垄断法虽然规制对象范围大致相同，但是反垄断法规制的侧重点以及执法方式各不相同。例如欧盟竞争法的一个重要理念是促进共同体统一市场的建立，通过对滥用市场支配地位的规制来维护共同体市场的竞争秩序，而美国反托拉斯法基本上不存在对建立统一市场的重要性认识，对于企业滥用支配地位的行为规制也呈现出趋于缓和的倾向。这种法律理念以及对垄断行为认知上的差别常会导致欧美反垄断主管机关在具体案件的审理上出现不同观点，而且这种基于理念以及认知上的差异不可能通过双边合作协定来解决。
再次，反垄断法双边合作协定的效力只限于政府之间，对于法院没有约束力。反垄断法执法模式上，比较典型的是以美国为代表的司法主导型和以欧盟、日本为代表的行政主导型两种模式。在司法主导型的美国，法院对于反托拉斯法的执法有最终裁判权，而法院并不受反垄断法双边协定的约束。以欧盟、日本为代表的行政主导型国家，反垄断主管机关对于法律的执行有很大的权力，法院一般会尊重反垄断主管机关所做出的裁决。这种差异决定了反垄断法域外管辖的双边合作在司法主导型国家和行政主导型国家存在事实上的不同效力。
最后，反垄断法域外管辖的法律冲突的外衣下掩盖的其实是国家利益的冲突，这种国家利益冲突不可能通过反垄断主管机关的双边合作得到根本解决。在反垄断法的三大规制对象中，经营者集中规制最能体现一国的宏观经济政策和国家利益，针对同一起集中案件，不同国家出于自身的国家利益考虑，很有可能作出完全不同的违法或合法判断。这种因各自国家利益不同导致的法律适用差异是反垄断法本身以及双边合作协议所无法解决的，只能根据利益均衡原则进行妥协性谈判，甚至会上升到政治层面通过高层的政治决断来化解。
四、我国反垄断法域外管辖制度的构建
（一）我国反垄断法域外管辖制度所面临的问题
我国《反垄断法》第2条后半段明确规定：“中华人民共和国境外的垄断行为，对境内市场竞争产生排除、限制影响的，适用本法。”这表明我国引入了国际上普遍采用的效果原则，从立法上确立了我国《反垄断法》的域外管辖制度。《反垄断法》第12条将“经营者”定义为“从事商品生产、经营或者提供服务的自然人、法人和其他组织”，但并没有限定是中国法人还是外国法人，这决定了我国《反垄断法》的适用主体既可以是中国法人也可以是外国法人。据此可以认为，我国《反垄断法》的域外管辖制度的法律依据是第2条；适用主体既包括中国法人也包括外国法人；适用对象囊括了反垄断法的三大规制对象；适用标准是境外垄断行为对境内市场产生“排除、限制竞争的影响”。
除了《反垄断法》第2条的规定外，我国目前尚未对该条的实施进行任何法律解释，也未出台更为细化的实施规定。就反垄断法域外管辖而言，我国目前需要解决两个方面的问题。第一，如何界定“排除、限制竞争的影响”的问题。对“排除、限制竞争的影响”的界定并不限于反垄断法的域外适用，而是事关我国《反垄断法》违法标准的认定问题。我国《反垄断法》将各项垄断行为的违法标准统一规定为“排除、限制竞争”，但是，关于如何认定“排除、限制竞争”问题，无论在理论上还是在实践中都还没有解决。从商务部已经裁决并公布的几件经营者集中案件来看，裁决中认定涉案集中行为具有“排除、限制竞争”的影响，但是该“排除、限制竞争”影响是怎样产生的却没有进行理论性的论证和详细说明。第二，如何定义“国家利益”问题。如前所述，对具有跨国性质的集中行为进行规制，本质上是为了维护一国的国家利益，但是“国家利益”是一个错综复杂甚至超出了反垄断法本身目标的一个价值判断问题。我国《反垄断法》并未直接规定“国家利益”是反垄断审查中的考虑因素，只规定在审查中要考虑到有关“社会公共利益”。就反垄断法的域外管辖而言，如何界定我国国家利益所在，如何理顺“国家利益”与“社会公共利益”的区别与联系是一个非常复杂的理论问题。
