二、诉讼程序的相应变更
法院经审查确认仲裁协议有效后，就需对诉讼程序作出相应变更。依《仲裁法》第五条，在立案阶段，我国法院应裁定不予受理；依该法第二十六条，在案件审理阶段，我国法院应裁定驳回起诉。囿于篇幅，下文仅择要论述案件审理阶段诉讼程序变更的两个问题。
（一）依申请进行程序变更
在案件审理阶段，国际诉讼的程序变更，应适用《纽约公约》第二条第三款，该款未调整的事项，适用我国《仲裁法》第二十六的有关规定；涉港澳诉讼的程序变更，应适用《仲裁法》第二十六条。《纽约公约》第二条第三款与《仲裁法》第二十六条都规定，仅当当事人主动依仲裁协议提出申请时，法院才能审查仲裁协议并相应地变更诉讼程序。这一规定与仲裁自愿原则相符。仲裁的契约性意味着，当事人既然有权合意仲裁，也就有权通过相互争讼而合意解除先前的仲裁协议。因此，法院若主动援引仲裁协议，将不当干预当事人选择争议解决方式的自由。
《仲裁法》第二十六条对当事人依仲裁协议进行管辖权抗辩的时间进行了限制，规定当事人仅能在首次开庭前援引仲裁协议，否则视为放弃仲裁协议。这一时间限制的意义在于：第一，避免司法资源的浪费；第二，避免给应诉方带来不必要的程序花费；第三，避免纠纷解决的不当拖延。《纽约公约》第二条第三款并未就当事人援引仲裁协议的时间作出规定，因此在国际诉讼与涉港澳诉讼中，援引仲裁协议的时间限制都应适用《仲裁法》第二十六条的规定。需要提及的是，《民事诉讼法》第三十八条规定，法院受理案件后，当事人若对管辖权有异议，应当在提交答辩状期间提出。那么，当事人依仲裁协议提出的管辖权异议，究竟应适用《仲裁法》还是《民事诉讼法》的时间限制？这在实践中存在误区。如在香港荣丰（中国）有限公司诉广州市信和电信发展有限公司一案中，[25]被告在答辩期过后才依仲裁协议提出管辖异议，广东省高级人民法院援引《民事诉讼法》第三十八条，认为被告的管辖异议已过期无效。而在浙江省乐清市运鸿海运有限公司等诉达信风险管理及保险服务（香港）有限公司与（卢森堡）船东责任互保协会一案中，[26]被告在答辩期过后、首次开庭前依仲裁协议提出管辖异议，原告援引《民事诉讼法》第三十八条，认为被告的异议已过法定期限。厦门海事法院认为，相对于《民事诉讼法》而言，《仲裁法》第二十六条属于特别规定，根据“特别法优于普通法”的法律适用规则，应适用《仲裁法》的规定，从而认定被告的异议有效。显然，后一个裁定才是正确的。
