中国进行过多次政府机构改革，力求转变职能和改变机构臃肿现象，却往往铩羽而归。中国部委博弈背后的潜规则过多，并非根据代表民意的全国人大进行改组，而是少数人关起门来策划部委撤并整合，这种闭门造车的行为与民众的期望截然相反，政府机构改革也往往无功而返。多元中央部委的争议发生几率很大，屡禁不止的在原因在于多元行政主体的利益并不相同，加之
宪法和
国务院组织法并未对职能划分予以详细规定，互相扯皮和争权夺利的现象层出不穷，部委之间的矛盾大于合作。中央部委都有行政立法权，且范围覆盖全国，目标不同乃至彼此冲突的行政行为和行政立法，给国家和民众造成了极大的损失。虽然历经多次转变职能的国务院改革，力保政令的执行畅通，但终究收效不大，大部制改革雷声大雨点小，在部门利益和个人垄断下艰难前行。只要在法律上不予以详细规定，不引入司法体系，中央部委争议难以有效解决，这并非危言耸听，而是逆耳忠言。
四、省与部之间争议的案例
从矿难频发和环境污染来看，中央部委和地方政府的利益并不在同一语境。煤炭生产监管陷入困境却屡禁不止，即在于煤炭行业有暴利，甚至部分地方政府官员参股其中。当官煤勾结时，就会盘枝错节，中央监管部门很难有效解决；安监总局要求官员退股，这与地方政府的矛盾冲突。从经济发展来讲，地方政府希望不断开采煤矿和提高工业收入，为政绩增加筹码和获得源源不断的税收；而国家安监总局和环保总局则肩负监督重任，就和地方经济发展形成冲突。“李毅中就任国家安监总局局长前3个月内，大陆连续发生4次严重的矿难事故，其中一次是死亡人数达29人的特大事故，其余三次是死亡人数超过30人的特别重大事故……随着大陆矿难的频频发生，李毅中也成为媒体上经常可见的新闻人物，人们频频使用“疲惫”、“无奈”等词汇来猜测李毅中面对矿难的感受，并以此形容2005年仍然频发的矿难。[34] 2005年12月河北省唐山市瓦斯爆炸造成重大伤亡，安监总局责成河北省政府向国务院做深刻检查。[35]即便如此，还是无法遏制矿难频发的趋势。这是地方政府和中央部委的不同的行政目标决定的，并非简单的监督就能奏效，必须从根本上解决问题，建立公正合理的秩序以维护各方合法利益。
环境保护部门和地方政府亦然。水污染已经成为全局性问题，对人体、农作物、牲畜造成了严重危害，地方政府发展经济的任务和环保总局监督的职责难以兼容，也就出现了环保总局的政令难以实现的困境，最终采取“流域限批”的方式才对环保困境略有缓解，而环保总局不可能监督到所有流域，只能以抽查核实从而导致信息失真。《中国水危机》的作者马军承认，中国水污染整体上已达到或接近“临界点”。世界银行估算，水污染导致的缺水造成了每年1470亿元的经济损失；仅华北地区的河北省就高达189亿元……世界银行、国家环保总局以及卫生部等机构于2007年2月发布的一份报告，进行了勇敢的尝试。这份报告只是一个供讨论的草稿，最终的版本至今尚未正式对外公布……任何“劣币驱逐良币”的空间，都可能被各个利益主体加以利用。制度上的“篱笆”没有扎紧之前，即使行政性、运动性的治理措施声势浩大、此起彼伏，仍然不可能指望水污染状况奇迹般地出现好转。[36]地方环保部门的领导是地方政府任命的，在上报数据的时候往往根据地方政治经济需要而有所取舍乃至篡改。环境污染不仅仅是地方经济发展与环境监督部门的争议，还牵涉到法制不完善和政绩赛马制原因，已成为日益严峻的问题。
中央部委和省级政府都是中央政策的执行者，对于中央来说，可谓“手心手背都是肉”；对于民众而言，都代表着政府的整体形象。而在实际操作层面上，宏观政策在拆分与整合过程中，信息自上而下传递极易衍生信息失真和资源损耗，各部委与省级政府难免产生误解与认知偏差，从而产生纠葛；政策的执行涉及权力分割和资源整合，多元主体的利益难以协调，各部委和省级政府掣肘事件时有发生；各部委与省级政府职能多有重叠，当有利可图时争相管辖，无利可图时则互相推诿。地方政府采取公贿方式向中央部门权力寻租，譬如“跑部钱进”现象打破了程序上的公正，驻京办的出现并非偶然，而是制度缺陷导致的分配不公现象的体现，迫使地方不得不通过体制外途径寻求资源。
少有人关注的是中央部委垂直机构与地方政府间关系。实际上中央部委垂直领导的派驻地方分支机构遍布各地，例如审计署、海关总署、国税总局、交通运输部海事局等垂直领导的下属单位，水利部的水利委员会和流域管理局、商务部特派员办事处等；中央部门及其下设机构与地方关系错综复杂，已然超出行政级别所能描述的范畴，这就给府际关系协调带来困难。譬如审计署南京特派员与安徽省政府的关系难以阐述，抽象来说可视作中央与地方政府关系；但实际上特派员在执行上级指令时有自由裁量权，若纯粹视之为中央与地方关系并不妥当。这给中央部委和省级政府间争议的发生增添了变数。中央部委与省级政府关系若处理不当，会阻滞总体目标的实现，加剧政府失灵甚至陷入难以调和的境地。
五、多省部之间争议的案例
