当前环保职能部门与非环保职能部门之间的联合执法是环保职能部门执法权威不足情况下的一种权宜之计。毫无疑问，联合执法有利于提高执法的效能，但联合执法可能破坏依法行政，对于非环保职能部门而言，有可能超越自己法定的执法权限，构成滥用职权，也可能出现执法过度，加剧企业的对抗情绪、抵触心理，破坏企业和政府之间的合作基础。从长远看，提高环保执法效能应当走扩大环保职能部门执法权的路子，而不是联合执法。环保部门与组织部门联合创立对地方保护主义执行否决的机制，切断环保无为官员的升迁线是可行的，应当提倡和鼓励。环保部门与金融、电力、运输等经济部门建立环保统一战线的做法也是环保职能部门执法能力不足情况下的一种权宜之计，虽然有利于提高执法效果，但是这些部门是企业法人，他们与环境污染企业之间是平等主体关系，他们并无义务协助环保部门执行环境法律，如果环境污染企业并未违反其与金融、电力、运输部门之间签订的合同，金融部门停止贷款、电力部门停电、运输部门停运有可能构成违约，如果环保部门强迫这些部门解除与环境污染企业签订的合同或禁止这些部门与环境污染企业签订合同，则有违法干预之嫌。从长远看，环境执法部门应走与环境污染企业合作的道路，而不是与一些经济部门建立统一战线。
在环境法律实施过程中除了理顺权力关系外，还应加强政府间的横向合作，中央政府要引导、鼓励、支持各级地方政府之间开展区域环保合作，引导各级地方政府之间建立环保协商合作机制，共同维护区域环境质量。
（二） 引导企业自觉遵守环境法律，主动与企业合作，着力于构建政府与企业环保守法合作机制
在环境公共利益的维护上政府和企业之间难免发生冲突，通常是既有合作又斗争，但政府应以追求合作为目的，斗争是合作的手段，是为了让企业回到与政府合作的轨道上。政府为了促成企业合作的意愿，必须提高处罚力度，使企业不敢违法，这是合作的底线。如果政府总是心慈手软，使不合作的企业可以得到实惠，合作就无法实现。政府为了鼓励更多的企业与自己合作，必须为守法的企业提供法律和政策上的优惠，使守法企业的守法成本降低，一定意义上，只有大幅度提高环境违法企业的违法成本，在统一市场上才能降低守法企业的守法成本。我国目前存在的问题是政府和企业双方都缺乏合作的意愿，有些违法企业与官员进行违法合作，有些政府官员被违法生产企业捕获，充当保护伞。如何使政府官员与企业合谋违法转变为共谋守法是一个难点，这方面欧盟、日本有许多值得我国借鉴的经验。
