根据第27条的规定，许多发展中国家发现有必要修改国内的专利法，以删除某些技术，如制药技术，不授予专利的规定。此外，尽管成员国有权自己决定是否允许授予动、植物专利，但还是会受到要求在这些领域授予专利的贸易压力。[23]一些发展中国家主张修改TRIPs协议，以确保遗传资源利用时产生的利益得到合理的分享。CBD涉及到了该问题，但TRIPs协议却只字未提，这便导致了潜在的冲突。例如巴西建议修改TRIPs协议第27.3（b）条以“要求成员国把下列事项作为授予专利的条件：说明遗传资源的来源、公平合理的分享利益、遗传资源提供国政府对开发利用的事先知情同意。”[24]但是，显而易见的，该主张遭到了发达国家的强烈反对。
2、CBD中主权控制的法定要件和TRIPs协议中可专利性要件的冲突。
CBD和TRIPs协议的冲突最集中地体现在遗传资源的提供者和使用者主张权利的要求和基础不同。一方面，遗传资源的提供者对遗传资源主张主权控制，另一方面遗传资源的使用者对通过现代生物技术改进的遗传资源主张知识产权。另外，知识产权的重要特征是对一切创造性、革新性的智力劳动成果进行保护，而不考虑创造和革新的来源，这在基于或源于遗传资源的生物技术革新中表现地尤为明显。
专利权人在不破坏原产国生态环境和遗传资源的情况下，可通过采集样品获得有用的信息、启迪发明创造的灵感。这种生物技术发明专利与“生物海盗”的程序有关，即从遗传资源丰富的国家盗用了遗传资源。CBD鼓励遗传资源的利用，但通过公开遗传资源的来源和事先知情同意程序制止生物盗版，而TRIPs协议中对生物技术发明的专利申请应提及遗传资源的来源没有任何条件性规定（目前专利公开的强制性条件仅限于发明的公开），也没有任何条款涉及专利发明中需经遗传资源来源国或持有人的事先知情同意。将事先知情同意和公开遗传资源的地理来源作为可专利性的条件符合CBD的要求，但未遵守TRIPs协议的规定，尤其是，若将公开地理来源和/或事先知情同意的证据作为直接或间接源于生物技术发明的可专利性条件，将违反TRIPs协议第27条、第29条、第62条和第32条。[25]如果既允许基于或源于遗传资源的专利申请被授予专利权（在满足专利性标准的条件），又遵守CBD的规定，则存在TRIPs协议和CBD如何兼容的问题。
3、CBD和TRIPs的价值追求的不同。
在商业价值和社会价值之间，两公约各自的侧重不同。CBD作为专门针对生物多样性保护的公约，是迄今为止该领域和可持续发展方面最重要的成果，其宗旨是：保护生物多样性并持续利用其组成部分以及公平合理分享由遗传资源获取而产生的利益，因此其是以可持续发展及生物多样性的社会价值作为基本出发点。而TRIPs所涉及的是与贸易有关的知识产权，其更加注重商业价值的保护，旨在通过对知识产权的保护来防止对国际贸易的扭曲。这也导致了TRIPs与CBD 之间的冲突。
（三）以CBD的立法理念检讨TRIPs协议
1、CBD和TRIPs协议在保护遗传资源方面的法律联系
尽管CBD 和TRIPs协议在保护遗传资源方面存在着潜在冲突，但是并非不可协调，毕竟它们是两个为遗传资源提供最低限度法律保护的国际协议，它们在知识产权的持续发展和遗传资源的有效保护方面起着重要作用。二者相辅相成，构建了遗传资源有效保护的国际体制。
（1）CBD和TRIPs协议在法律上并非存在不可调和的矛盾。
它们有不同的目标和主题，任何一个条约的条款都不阻碍某一个国家履行两个条约中的义务。CBD重点在于保护遗传资源等生态环境和利益共享，侧重于保护生态环境和遗传资源的提供者的利益，TRIPs协议重点规定知识产权保护的最低标准，侧重于保护利用了基因资源的发明人的利益，二者犹如药品管理法和专利法，都没有相互禁止的条款。CBD没有禁止对利用遗传资源的生物技术发明给予专利保护，TRIPs协议没有禁止各个成员通过行政、司法或管理措施行使保护本国遗传资源、知情同意和利益共享的权利。[26]
（2）CBD有效地支持TRIPs协议的实施。
CBD没有引入事实上的知识产权，没有改变知识产权的基本原则。遗传资源的取得和转让应当与知识产权的适当和有效保护相一致，向遗传资源的提供国提供并转让利用其遗传资源的技术应当包括受专利或其它知识产权保护的技术；技术的获得和转让应当承认且符合知识产权的充分有效保护，CBD第16.2条未提及专利客体，却支持生物技术技术专利，第16.5条未提及TRIPs协议，却承认知识产权对保护遗传资源的重要性。CBD认为专利和其它知识产权可能对该公约的实施产生影响，各国应在遵守其国内立法和国际法的前提下，以确保专利和其他知识产权不违反CBD的目标并有助于其实施。CBD在应当实行知识产权保护与有必要保证知识产权促进遗传资源的保存和可持续利用、保证遗传资源的利用和利益分享原则的实现之间形成一种平衡。[27]
（3）TRIPs协议也为CBD提供了有效的支持。
TRIPs协议鼓励生物技术创新，而新技术、新发明可以促进遗传资源的利用，对保护遗传资源有着不可或缺的作用；TRIPs协议提供的知识产权保护通常会促进生物技术发明的实施和商业化，商业化会产生利益，这是实现利益共享的前提，因此提供者和使用者之间通过知识产权的利用有广泛的利益一致。TRIPs协议第28条、第30条、第31条明确了CBD第16（5）条的规定，第28条通过专利的转让或许可支持了CBD要求的技术转移，第30条在一定意义上论证了CBD规定的专利技术转移的正当性。CBD第16（5）条规定要遵照国家立法和国际法进行合作，以确保知识产权有助于CBD目标的实现，而TRIPs协议是国家之间进行知识产权合作的重要工具。
