可见，CBD将知识产权与遗传资源的保护和可持续利用联系了起来，将知识产权的合理取得与转让作为有助于实现CBD目标的有力手段。它鼓励遗传资源所在国通过转让遗传资源开发权的方式来获得必要的资金与技术，以用于本国遗传资源的保护与持续发展。这在一定程度上既满足了发达国家大量获取其他国家遗传资源、强化知识产权保护的需求，同时也符合了发展中国家获取利益用于本国遗传资源的保护与可持续发展的需要，因而获得了大多数发展中国家的认可。但是对于发达国家更为高涨的高标准知识产权保护的欲望来说，发展中国家的这种认可显得格外苍白。
2、《与贸易有关的知识产权协议》的出台
伴随着世界经济一体化的进程，各国之间的经济贸易往来日益增多，而国际贸易的快速发展不可避免地导致了环境与贸易之间的冲突愈演愈烈。遗传资源作为生态系统的核心组成部分，是环境保护的重要内容，其与贸易发展之间的矛盾也受到了越来越多的关注。
《与贸易有关的知识产权协议》（Agreement on Trade-related Aspects of Intellectual Property Rights,下称TRIPs协议）作为WTO乌拉圭回合的一个重要成果，是除CBD公约之外，较受关注的与遗传资源保护相关的国际公约，它确立了知识产权国际保护方面为各国所普遍接受的一个最低国际标准。[17]
WTO成员国必须为知识产权提供最低水平的保护，它们可以提供更全面的保护，但是这种保护不得与TRIPs协议的规定向抵触。
不结盟以及其他发展中国家研究及信息组织总干事V.A.Panchamukhi在评价TRIPs协议的正式化时指出：“新的知识产权制度最重要的特征是知识产权所有人的权利得到了加强，而其相应的义务却减少了。最支持这样的知识产权制度的是生物技术产业，它们认为把生物技术发明纳入知识产权领域是提高其商业价值的唯一的最重要的因素。”[18]
在TRIPs协议的各项规定中，与遗传资源保护最为相关的是第27.3条有关生物技术发明可获专利性的规定，这一条款其实是各方利益平衡后的结果。美国认为，一切生物技术领域中的任何发明，无论产品发明或方法发明，只要符合专利法所要求的条件，均有可能获得专利；而《欧洲专利公约》认为，对违反了公共秩序与道德的技术发明，不能授予其专利权，同时还应该禁止授予动植物新品种、生产动植物的生产方法以专利。TRIPs协议第27条第1款反映了美国的观点，第2、3款则表明了欧洲的主张。在这条规定中，最受争议的是第27.3（b）款的规定：“除微生物之外的动、植物，以及生产动、植物的主要是生物的方法；生产动、植物的非生物方法及微生物方法除外”.这一规定将动、植物品种及生物技术方法排除于可获专利之外，并将这项权利授予各成员国自主决定。面对发达国家凭借其技术与资金优势并借助知识产权保护的法律外衣，对一些发展中国家的遗传资源进行的疯狂掠夺，这些遗传资源大国在对TRIPs协议第27.3（b）款进行的审查中，提出了与发达国家截然不同的主张，以全力保护本国的遗传资源。
可见，TRIPs协议以“减少国际贸易的扭曲和障碍、促进充分有效地保护知识产权，以及确保知识产权执法措施和程序本身不会成为合法贸易的障碍”[19]为目标，因此，该协议倾向于授予更多的生物技术发明以知识产权保护，而环境因素只是在达到“对环境严重破坏所必需时”才作为专利保护的例外，这也就从根本上决定了TRIPs协议无法从知识产权的角度给予遗传资源以充分理性的保护。
（二）CBD和TRIPs协议在保护遗传资源方面的潜在冲突
从表面上看，TRIPs协议作为WTO框架下的一个知识产权公约，CBD作为一个环境法方面的保护生物多样性的公约，二者无论在历史背景还是宗旨内容方面都存在着巨大差异，是两个基本上不相干的国际条约。因此有很多学者从一开始就认为所谓知识产权公约与保护生物多样性之间的冲突只是一个没有根据的推测和想象，没有充足的调查结果和实例数据可以支持这个臆断。但是社会关系往往复杂交错，互相作用：一方面，由于知识产权制度在现代社会普遍建立，在商业化活动中所占的地位越来越重要；另一方面，对遗传资源的利用和商业化活动开始危及到自然资源的持久利用和引发遗传资源保护问题，在这种社会背景下，TRIPs协议与CBD的关系顿然变得复杂起来。
1、TRIPs协议对遗传资源保护的缺失
应该说TRIPs协议中是没有直接针对遗传资源进行保护的条款的，它只是在规范生物技术专利时捎带地对生物技术专利的“源头”――遗传资源进行了模糊的规定。TRIPs协议与遗传资源保护最相关的条款是第27条[20]“可获专利的发明”。该条第1 项规定了可授予专利的客体，即“一切技术领域中的任何发明，无论产品发明或方法发明，只要其新颖、含创造性并可付诸工业应用[21]”,进一步规定“获得专利和享有专利权，不得因发明地点不同、技术领域不同及产品之系进口或系本地制造之不同而受到歧视。”[22]依该项规定，只要满足三个实质性要件和充分公开（第29.1条）的要求，一切生物技术领域的任何发明均应获得专利保护。
第2项和第3项规定了排除其可获取专利保护的客体，成员可以在国内法中将这些客体排除于保护范围之外，但没有义务必须这样做。第2项规定：“如果为保护公共秩序或公共道德，包括保护人类、动物或植物的生命与健康，或为避免对环境的严重破坏所必需，各成员均可排除某些发明于专利之外，可制止在该成员领域内就这类发明进行商业性使用，只要这种排除并非仅由于该成员的域内法律禁止该发明的使用。”因此，只要发明的商业使用是允许的，就不能依 TRIPs协议排除于可专利性之外。第3项规定：“成员还可以将下列各项排除于可获专利之外：（a）……（b）除微生物之外的动、植物，以及生产动、植物的主要是生物学的方法，但生产动、植物的非生物学方法以及微生物方法除外。成员应以专利制度或有效的专门制度，或以任何组合制度，保护植物新品种。”这里涉及到生物技术专利权的客体和遗传资源的保护。将有关“遗传资源”列入第27.3 （b）条，是协议中最具争论性的部分，其牵涉到许多有关遗传资源及生物本身的主权。
