（2）专利制度激励创新的目的与遗传资源传统性之间的冲突
一件智力成果能否受专利制度的保护，关键是看其是否满足了其所要求的实质条件和形式条件，其中一个重要的条件是创造性；而遗传资源通常是在漫长的历史中不断发展、保存起来的，而且很少具有一般专利权客体所具备的创造性。
（3）专利制度保护的时间性与遗传资源保护所要求的永久性之间的冲突
知识产权都有一定的保护时间，并不是永远存在的；[5]遗传资源的产生往往没有确定的开始日期，大多是随着社会环境的变化而不断发展，无法得知完成的日期，这即决定了遗传资源保护期的长久性，否则就失去了保护的意义。
（4）专利制度一向面临着保护私权和维护社会整体利益之间的平衡问题：
首先是各个发展中国家的遗传资源丰富程度并不相同，如果将遗传资源纳入专利权保护的客体之中，将遗传资源视为一种财产权，可能让遗传资源丰富的国家提高其收入，但同时也会增加国际研究与合作的成本，这对于其它资源贫乏的发展中国家而言只会是更不利的结果。即使是资源丰富的国家要取得遗传资源财产权，也必须付出相应的成本与费用，那么就会导致财政上较健全或行政效能较高的政府有能力获得对其自然资源的法律保护，而另一些能力不足的国家就不能有效地保护本国的遗传资源。
（三）专利制度提供的保护方式――防御性保护
既然专利制度将遗传资源作为其保护客体有一定的难处，那么，专利制度可对遗传资源提供初步的消极的保护，也可以说是防卫性保护，从而为具体实施CBD三原则提供一种模式。[6]
利用专利制度保护遗传资源的实质在于：防止“生物盗版”的技术申请被授予生物技术专利，防止申请者逃避对遗传资源所有者的义务而不当地获得对某种技术的垄断。具体说来，可以在专利法中对申请的要求、申请审查，以及专利异议等程序中引入相关遗传资源作为考量因素，决定是否授予专利或维持专利。由于这种保护方式的实质在于防止他人不合理地获得知识产权，即生物技术专利权，而非直接授予遗传资源所有者以专利权这样的积极性权利，因此这种保护模式被称为防御性保护（defensive protection）。[7]
需要注意的是，无论在专利程序中加入何种因素，总体上仍是对现有专利制度进行发展的设想，针对它们并未形成成熟的国际标准或普遍的国内法立法实践。但是，与之相关的修改专利制度的建议已经在各国际论坛得到了广泛的关注，许多国家明确提出了将遗传资源引入专利制度的动议，内容涉及来源公开制度、知情同意程序等方面。[8]
二、遗传资源的国际法律地位学说背景下的专利制度与遗传资源保护
（一）人类共同遗产说背景下的专利制度与遗传资源保护
人类共同遗产原则（The Principle of Common Heritage of Mankind）是国际法上的重要原则，该原则认为某些特定的财产资源由全人类共同拥有，因此禁止任何国家、任何企业或私人将这些资源据为己有；所有国家负有共同经营管理这些遗产的责任；所有国家共同分享源于这些遗产的利益或资源；所有国家只能以和平目的使用这些遗产；为了后代的利益，所有的国家都应承担保育这些遗产的独特与不可取代资源的责任。[9]共同遗产是义务中心或责任中心，而不是权利中心。遗传资源长期被视为人类的共同遗产（Common heritage of mankind），遵循自由流动模式。获取和使用遗传资源没有执照、没有使用费、没有任何使用限制，也不受任何国家的主权管辖，其客观根据在于遗传资源是几十亿年生物进化和自然演变的结果，是由自然过程塑造的，是公共的自然恩赐，没有人类劳动的贡献。遗传资源的共同遗产观念首见于 1983 年联合国粮农组织（FAO）第 8/83 号决议通过的《植物基因资源国际约定》。[10]
在人类共同遗产学说下，申请生物技术专利当然性的不用考虑遗传资源的作用。因为遗传资源属于人类共同所有，任何国家和个人不能将其据为己有，因此在他国利用在本国范围内的遗传资源的时候，遗传资源所在国也无法提出任何抗辩。它们只能期待着使用国或开发国能自觉的将惠益分享给自己，但实际上，它们的只能以失望告终。人类共同遗产原则在实践中会成为生物技术集中的发达国家损害遗传资源丰富的发展中国家利益的工具。发达国家利用生物技术专利获得了切实的、私有化的利益，它们并不会遵照共同分享利益的精神拱手让利于发展中国家。遗传资源自由获取并惠及全球的情况，在发达国家及其生物技术公司实行保护私有权利的专利制度之后就发生了根本性的变化。人类共同遗产原则将无法避免“公地悲剧”问题的产生。在《公约》的谈判中，发达国家最早提出的将遗传资源列为人类共同遗产的主张因为太不现实而遭到摒弃。[11]
（二）自然资源永久主权说背景下的专利制度与遗传资源保护
自然资源永久主权原则（The Principle of Permanent Sovereignty over Natural Resources），是在极其特定的历史条件下，为了促进新独立国家的社会经济发展，作为国际经济新秩序运动的一部分而提出来的。[12]20世纪50年代初期以后，发展中国家为了支持尚处于殖民统治下人民实现自决、分享因开发其境内的自然资源而产生的利益，在联合国大会等有关机构提出了自然资源永久主权的原则。其隐含含义是：任何对主权的限制都首先需要当事国之间的同意。值得注意的是，本原则自提出伊始就将全部目光集中于权利而忽略了义务因素。特别是发展中国家一致强调自然资源永久主权的“永久性”、“全面性”、“绝对性”和“不可剥夺性”,反对任何可能损害自然资源永久主权性质的义务。
