1、我国的环境标志制度还没有走到立法的轨道上来。我国环境标志制度的运行依据的是《中国环境标志产品认证委员会章程》、《环境标志产品认证管理办法》、《环境标志产品种类建议》等文件。这些文件即非法律，也不是行政法规。在我国环境标志制度建立的初期，这种实验性的做法是合理和必要的。但随着我国和世界各国环境标志制度的发展，使我国环境标志制度走到法律的轨道上，提高环境标志制度的法律层次，将更有利于今后我国环保和贸易的发展。
2、公众环境意识较低，环境标志未发挥其引导生产和消费的作用。企业环境标志意识不足，申请标志认证的积极性不高。环境标志制度未纳入环境法律体系中，其法律保护不足。
3、环境标志管理中存在的问题。环境标志是证明性商标，一旦厂家认识到它的优势作用，在使用中会出现很多问题。例如因环境标志管理而引起的救济问题以及获得环境标志产品标准的制定问题，包括使用前的申请和使用的过程中引起的争议和诉讼。这些都是需要尽快制定出切实可行的法律、法规与具体措施。
4、环境标志产品价格高于同类非标志产品，降低了环境标志产品的竞争力，产品或其包装上的环境标志不明显。环境标志产品认证之后，生产过程的环境行为有相应的监督管理措施，但在运输、销售、使用、废弃处理过程中缺乏相应的监督。
四、完善中国环境标志制度，促进我国贸易与环境保护协调发展的对策
环境标志的盛行，给国际贸易深深地烙上了绿色的生态标志。加入WTO后，我国的经济发展在面临机遇的同时也要接受严峻的挑战。由“ISO/TC207”技术委员会制定的ISO14000系列标准已将环境保护目标扩充到产品的开发设计、生产加工、产品标准的各个过程及领域。在未来几年内，产品的环境标准将成为世界贸易的先决条件，关于产品环境标准的竞争将进而发展成为一种新的非关税壁垒--绿色贸易壁垒，以保护本国工业免受进口商品的冲击。今后国际贸易中的保护主义将更多地运用环境保护的名义采取更加隐藏的环境管理措施，设置种种障碍来抵制外国商品的进口。因此，在我国实行环境标志，有利于冲破这一贸易技术壁垒，从而顺利地参与世界经济大循环，增强我国产品在国际市场的竞争力；同时，也有利于根据国际惯例保护我国的环境利益，限制国外不符合我国环境保护要求的商品进入国内市场。环境标志被称之为进入国际市场的绿色通行证，它将推动中国环境产品和环境技术的更新与创新，推动外资直接进入中国的环境产业，促使中国环境产业加速改革。完善中国环境标志制度，促进我国贸易与环境保护协调发展，增强中国产品在贸易中竞争力具有重要意义。
