其次，行政调解效力不明。行政调解不具有直接的司法执行效力使得调解效果受到极大的影响。行政调解所达成的调解协议仅相当于纠纷当事人之间就解决纠纷另行签订民事合同，在履行上主要依靠当事人的自觉。调解结束后，当事人反悔或者拒不履行调解协议的，只能将纠纷再次进行行政裁决或者仲裁或者诉讼程序。调解效力的有限性无疑会影响一部分纠纷主体通过调解处理其纠纷的积极性和信心，而倾向于直接将纠纷提交法院。这也在实际上影响了行政机关的积极性，而不愿在行政调解方面投入过多精力，最终影响到行政调解的质量，正是由此会逐渐导致了我国行政调解机制的萎缩。而且行政调解的这样的不甚明朗的效力显然也不利于社会诚信构筑。如果任何人都可以随意反悔自己自愿签署的调解协议而无需承担法律上的责任，就会助长社会不良风气，人们就会对社会诚信丧失信心，交易成本就会进一步增加。法院调解协议与及人民调解协议，我国法律法规和相应的司法解释赋予其明确的法律效力。前者一旦生效，若一方不履行法院调解协议，另一方可以持调解书向人民法院申请执行。后者，相关司法解释规定经人民调解委员会调解达成的、有民事权利义务内容，并由双方当事人签字或者盖章的调解协议，具有民事合同性质。但对于行政调解的效力我国法律却规定得并不明确。关于确定行政调解效力的问题，实际上要解决的问题是：当事人双方经行政调解达成的协议具何种效力，行政调解需不需要制作行政调解书及行政调解书是否具有法律上的强制执行效力。行政机关在参与主持行政调解过程中实际发挥了两个方面的作用：一个是协助、指导等辅助功能，另一是裁决判断功能。而我国现行的法律制度在这两个方面均没有作出明确的规定。如果这些问题没有获得合理解决，在实践工作中将不利于行政调解工作的开展，将使行政机关过于谨慎行使行政权力，不能为当事人提供更好的解决纠纷的方案，甚至认为当事人不愿执行行政调解协议有损于行政机关的威望，从而怠于行使行政权力。虽然，2007年颁布施行的《中华人民共和国行政复议法实施条例》对于行政复议调解书的效力作出了规定，但对于该规定是否具有法律上的强制执行效力尚未作出明确规定。

　　再次，行政调解程序缺乏制度上的保障。随着《中华人民共和国民事诉讼法》、《人民调解委员会组织条例》、《人民调解工作若干规定》等法律法规的颁布及相关司法解释的出台，有关司法调解和人民调解的程序制度正逐步完善。而有关行政调解的程序规定则比较匮乏，大多体现为一些法律法规和部门规章中的抽象规定。行政调解的程序性规定还不够健全。重实体、轻程序的问题也存在于行政调解机制中。在此方面，既缺乏行政机关进行行政调解的方法、时限等方面的具体规定，也缺乏如何在该机制中确保各方当事人的参与以保障其合法权益、确保纠纷处理公正性的相关规定。许多调解机制仍保留着较强的行政化色彩，只注重行政机关的单方性，而不重视纠纷当事人的参与，不顾及当事人的主张和理由。对于当事人而言，相关的纠纷处理程序缺乏必要的透明度和可预测性，容易导致当事人对该纠纷处理机制公正性等缺乏信心，影响该机制的亲和力。从我国现行法律制度来看，行政调解程序规定得比较好的是交通事故损害赔偿的行政调解程序。从《中华人民共和国道路交通安全法》到《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》，再到《交通事故处理程序规定》对公安机关交通管理部门如何进行交通事故赔偿损害的行政调解作出了详细的规定。然而这样的行政调解规定在其他行政机关职能部门中并不多见。由于行政机关相对于发生纠纷的当事人在实际生活中处于较强势的地位，如果不从行政调解程序上加强对于行政机关的规制，容易出现行政机关滥用行政权力，侵害当事人权益的情形。同时，在我国现行的调解制度中，行政调解并不是法定的诉讼前置制度。大多数情况下，法律赋予了当事人在行政调解和提起诉讼之间自由选择的权利。由于缺乏行政调解程序上的规定，而作为行政机关管理职能之一的行政调解本身只具有单向服务功能，使得有些行政机或出于怕麻烦，或出于怕承担责任，往往在工作中消极应对行政调解，要求当事人直接向人民法院起诉，这是违背我国全面建设服务型政府发展理念的。